卷四
时内外文武济济，然兵饷战守机宜，专诿芝龙为政。芝龙，泉州人。泉州郡城南三十瑞安平镇，芝龙府故在焉。芝龙幼习海，知海情。凡海盗皆故盟，或出门下。自就抚后，海舶不得郑氏令旗，不能往来。每一舶，列入三千金，岁入千万计；芝龙以此富敌国。自筑城于安平，海梢直通卧内，可泊船径达海。其守城兵自给饷，不取于官；旗帜鲜明，戈甲坚利。凡贼遁入海者，檄付芝龙，取之如寄。故八闽以郑氏为长城。芝龙有弟芝虎，勇冠军，昔征刘香，已没于海。次鸿逵、次芝豹，一门声势，烜赫东南。
芝龙开府于福州，坐见九卿，入不揖，出不送。集廷臣议战守兵，定二十万。自仙霞关而外，宜守者一百七十处，每处守兵多寡不等，计十万。其余十万今冬精练，明春出关。一枝出浙东，一枝出江西。统二十万之兵，合八闽、两浙、两粤之饷计之，尚不给。
而粤西有靖江王者，八月称监国。隆武诏至不服，举兵将东。广西巡抚瞿式耜移书总制丁魁楚为备，又檄思恩参将陈邦传防梧，再檄星调兵止狼勿靖应。靖遣桂平道井济促式耜入，式耜不允。未几，靖提兵至梧，命式耜易朝服朝，式耜不从，且以兵胁之，卒不可夺。靖兵寻为丁兵战败返桂。时宣国公焦琏为粤西总镇扬国威旗鼓，式耜授计于琏，而邦傅亦应檄统兵至，并受令，随擒靖江王及国威与吏科给事中顾奕等，械至福州。王与国威、奕等俱斩于市。以平靖功，封魁楚为伯，晋式耜兵部侍郎衔兼副都御史。
译当时朝廷内外文武官员众多，但军队的粮饷以及战守方面的机要事务，全都委托郑芝龙处理。郑芝龙是泉州人。泉州郡城南三十瑞安平镇，郑芝龙的府第旧址就在这里。郑芝龙年轻时学习航海，熟悉海上情况。所有海盗都是他过去的盟友，有些还曾出自他的门下。自从接受招抚以后，海船没有郑氏的令旗就不能往来。每条船都列入三千金的收入，每年收入以千万计；郑芝龙因此富可敌国。他在安平筑城，海水水道直通卧室，船可以停泊并直接驶到海边。他守城的军队自己筹给军饷，不向官府领取；旗帜鲜明，兵器铠甲坚固锋利。凡是逃入海中的贼寇，官府发檄文交给郑芝龙，他就像取寄存之物一样把他们捉回来。因此八闽把郑氏看作长城。郑芝龙有个弟弟郑芝虎，勇猛冠绝全军，从前征讨刘香时已经葬身海中。其次是郑鸿逵，再其次是郑芝豹，一门的声势在东南极为显赫。郑芝龙在福州开设府署，九卿前来见他时，他入内不作揖，出门也不送行。他召集廷臣商议战守和军队之事，决定军队二十万。从仙霞关以外，适宜防守的地方有一百七十处，各处守军数量不等，共计十万人。其余十万人准备今冬精练，明年春天出关。一支军队从浙东出动，另一支从江西出动。统领二十万军队，再加上八闽、两浙、两粤的军饷合计，仍然供给不足。而粤西有一位靖江王，在八月自称监国。隆武帝的诏书送到后，他不服，起兵准备向东进军。广西巡抚瞿式耜写信给总制丁魁楚，让他做好防备；又发檄文给思恩参将陈邦传，防守梧州；再发檄文调兵，阻止靖江王的军队。靖江王派桂平道井济催促瞿式耜入朝，瞿式耜不答应。不久，靖江王率兵到梧州，命瞿式耜改穿朝服入朝，瞿式耜不服从；靖江王又以军队威胁他，最终仍不能夺其志。靖江王的军队不久被丁魁楚的军队击败，退回桂林。当时宣国公焦琏在粤西总镇统领扬国威的军队，瞿式耜把计策授给焦琏，陈邦傅也奉檄统兵到达并接受命令，随后擒获靖江王、扬国威以及吏科给事中顾奕等人，用刑具押送到福州。靖江王与扬国威、顾奕等人都在市中斩首。因平定靖江王有功，封丁魁楚为伯，晋升瞿式耜为兵部侍郎衔，兼任副都御史。
是时浙东亦奉鲁王监国。先是，清兵入浙，潞藩以城降。贝勒散布官吏至浙东，且令薙发。山阴原任苏松巡抚祁彪佳赴池水死。原任左都御史刘宗周不食死，有绝命词云：『留此旬日死，少存匡济意。决此一朝死，了我平生事。慷慨与从容，何难亦何易』。又示婿秦嗣瞻诗云：『信国不可为，偷生岂能久？止水与迭山，只争死先后。若云袁夏甫，时地皆非偶。得正而毙矣，庶几全所受』。门人会稽诸生王毓蓍闻变，即遗书宗周，有云：『愿先生早自决，毋为王炎午所吊』；投柳桥河死。儒士潘集奔东渡桥，袖石自沉死。儒士周卜年赴东海死。原任大学士高弘图流寓绍兴城外，逃至野寺不食死。时马士英亦率所部奉弘光母妃至绍兴，绍人士犹未知弘光所在。原任九江佥事王思任上疏请斩士英，言『战斗之气，必发于忠愤之心；忠愤之心，又发于廉耻之念。事至今日，人人无耻，在在不愤矣。所以然者，南都定位以来，从不曾真真实实讲求报雪也。主上宽仁有余，而刚断不足，心惑奸相马士英爰立之功，将天下大计尽行交付。而士英公窃太阿，肆无忌惮，窥上之微而有以中之。上嗜饮，则进■〈酉灵〉醁；上悦色，则献妖淫；上喜音，则贡优鲍；上好玩，则进古董。以为君逸臣劳，而以疆场担子一肩推与史可法。又心忌其成功，而决不照应之。每一出朝，招集亡赖，卖官鬻爵，攫尽金珠。而四方狐狗辈愿出其门下者，得一望见，费至百金；得登一簿，费至千金。以至文选、职方乘机打劫，巡抚、总督见兑即题。其余编头修脚、服锦横行者，不在话下矣。所以然者，士英独掌朝纲、手握枢柄，知利而不知害、知存而不知亡，朝廷笃信之，以至于此也。兹事急矣，政本阁臣，可以走乎？兵部尚书，可以逃乎？不战不守而身拥重兵，口称护太后之驾，则圣驾独不当护耶？一味欺蒙，满口谎说，英雄所以解体，豪杰所以灰心也。及今犹可呼号泣召之际，太后宜速趣上照临出政，断酒绝色，卧薪尝胆，立斩士英之头，传示各省，以为误国欺君之戒。仍下哀痛罪己之诏，以昭悔悟，则四方之人心士气，犹可复振，而战鼓可厉、苞桑可固也』。又上书士英，言『阁下文采风流，才情义侠，职素钦慕。即当国破众疑之际，爰立今上以定时局，以为古之郭汾阳、今之于少保也。然而一立之后，阁下气骄腹满，政本自由，兵权独握，从不讲战守之事，而只知贪黩之谋。酒色逢君，门墙固党，以致人心解体，士气不扬。叛兵至则束手无策，强敌来而先期以走，致令乘舆播迁，社稷丘墟。阁下谋国至此，即喙长三尺，亦何以自解也？以职上计，莫若明水一盂，自刎以谢天下，则忠愤节义之士，尚尔相谅无他。若但求全首领，亦当立解枢权，授之才能清正大臣，以召英雄豪杰，呼号惕厉，犹可幸望中兴。如或逍遥湖上，潦倒烟霞，仍效贾似道之故辙，千古笑齿，已经冷绝。再不然，如伯嚭渡江，则吾越乃报仇雪耻之国，非藏垢纳污之区也。职当先赴胥涛，乞素车白马以拒阁下；上干洪怒，死不赎辜。阁下以国法处之，则当束身以候缇骑；私法处之，则当引领以待鉏麑』。原任山西佥事郑之尹子郑谦，杀招抚使于江上，与张国维、方逢年、柯夏卿、宋之普、陈函辉、熊汝霖、孙嘉绩等迎立鲁王于台。朱大典亦遣孙珏上表劝进。鲁王监国绍兴，国维首疏参马士英误国十大罪。士英惧，不敢入朝。时逢年、国维、之普、大典俱为大学士。封方国安荆国公、张鹏翼永丰伯、郑遵谦义兴伯、王之仁武宁伯。国安守严州，鹏翼守衢州。国维督师江上，赐上方剑行事，子世凤为平□将军。补御史陈潜夫原官，加太仆寺少卿，命监各藩镇兵马。七月复富阳，八月复于潜。时兵马云集，人治一军，不相统一，部曲骚然。国维疏请于王，谓『克期会战，则彼出此入，我有休番之逸，而攻坚捣虚，人无应接之暇，此为胜算。必连诸帅之心，化为一心，然后使人人之功罪，视为一人之功罪』。十月，清兵至。国安严阵当之，国维率王国斌、赵天祥接应，追战于草桥门，会天大风雨，火炮弓矢不得发，遂收兵。清兵营木城于沿江。会闽中颁诏至，诸求富贵者争欲应之，监国下令返台，士民惶惶。国维星驰至绍，上疏隆武，谓『国当大变，凡为高皇帝子孙臣庶，所当同心并力，成功之后，入关者王，监国退居藩服，礼谊昭然。若以伦序，叔侄定分，在今日原未假易。且监国当人心奔散之日，鸠集为劳，一旦南拜正朔，鞭长不及，猝然有变，唇亡齿寒，悔莫可追。臣老臣也，岂若朝秦暮楚之客哉』！疏出，议始定，而浙、闽成水火矣。
译这时浙东也拥奉鲁王监国。此前，清兵进入浙江，潞藩献城投降。贝勒派遣官吏到浙东，并且命令当地人剃发。山阴原任苏松巡抚祁彪佳投池水而死。原任左都御史刘宗周绝食而死，有绝命词说：『留下这十来天而死，是想稍存匡救天下的心志；在今天决然赴死，是为了了结我一生的事业。慷慨赴死或从容赴死，有什么难、又有什么容易？』他又写诗给女婿秦嗣瞻说：『信国公文天祥的道路不能仿效，苟且偷生又怎能长久？投止水而死与在采石矶殉节，不过是争先后而已。若说到袁夏甫，时代和处境都没有相同之处。能够守持正道而死，也差不多可以保全所承受的气节了。』他的门人、会稽诸生王毓蓍听到变故，立即写信给刘宗周，其中说：『希望先生早早自行决断，不要让王炎午来凭吊您。』随后投柳桥河而死。儒士潘集奔向东渡桥，把石头藏在衣袖中沉水而死。儒士周卜年投东海而死。原任大学士高弘图流寓绍兴城外，逃到野寺后绝食而死。当时马士英也率领自己的部属，奉弘光帝的母妃到绍兴，绍兴人还不知道弘光帝在哪里。原任九江佥事王思任上疏请求斩杀马士英，说：『战斗的勇气，一定产生于忠愤之心；忠愤之心，又产生于廉耻之念。事情到了今天，人人都没有羞耻，在各处也都没有愤慨之气。之所以这样，是因为南都确定帝位以来，从来没有真正讲求报仇雪恨。君主宽仁有余，却缺少刚强果断，心中迷惑于奸相马士英拥立他的功劳，把天下大计全部交给了马士英。马士英暗中窃取大权，肆无忌惮，窥探皇上的细微嗜好，便用这些来迎合他。皇上喜欢饮酒，他就进献■〈酉灵〉醁；皇上喜爱女色，他就进献妖艳淫荡之物；皇上喜爱音乐，他就进献优伶鲍鱼；皇上喜好玩赏，他就进献古董。他以为君主可以安逸、臣下应当劳苦，便把战场上的重担全都推给史可法；又嫉妒史可法可能成功，坚决不予支援。每次退朝后，他召集一群亡赖之徒，卖官鬻爵，攫取尽金银珠宝。各地像狐狗一样的无赖之徒，愿意投到他门下的，要能远远望见他一次，费用就达百金；要能登记在门生名册中，费用就达千金。以至于文选、职方等部门也乘机打劫，巡抚、总督只要看到钱财交付，就立即上题推荐。其他那些编造名目、修饰打扮、穿着锦衣横行的人，更不必说了。之所以这样，是因为马士英独掌朝纲，手握枢要权柄，只知道利益而不知道祸害，只知道保存而不知道灭亡，朝廷又深信他，所以才到了这种地步。』 这件事已经十分危急了，掌握政务根本的阁臣，难道可以逃走吗？兵部尚书，难道可以逃走吗？不作战、不防守，却自身拥兵重兵，口口声声说是在护卫太后的车驾，那么圣上的车驾难道就不应当保护吗？一味欺骗蒙蔽，满口谎话，使英雄因此离心，使豪杰因此灰心。现在还正是可以呼号哭泣、召集人心的时候，太后应当赶快催促皇上亲临朝廷处理政务，戒断酒色，卧薪尝胆，立即斩下马士英的头，传示各省，把他作为误国欺君的警戒。还应下达哀痛自责的诏书，以表明悔悟，那么四方的人心和士气还可以重新振作，战鼓还可以激励，国家也还可以稳固。』他又写信给马士英，说：『阁下文采风流，才情高雅而有侠义，我一向敬仰。正当国家破败、众人疑惧之时，您拥立当今皇上以稳定时局，原本可以比作古代的郭汾阳、当今的于少保。然而拥立之后，阁下气焰骄盛、内心自满，政务根本任由自己处置，兵权独自掌握，从来不谈战守之事，只知道贪污谋利。用酒色迎合君主，依靠门生故吏结党，以致人心离散，士气不能振作。叛军到来时束手无策，强敌来临又提前逃走，导致皇帝流离迁徙，国家沦为废墟。阁下谋划国事到了这种地步，即使嘴长三尺，又凭什么为自己辩解呢？以我的看法，不如明白地端一碗水，自刎以向天下谢罪，这样忠愤节义之士还可能谅解您，不再追究。若只是想保全首领，也应当立即解除枢要权力，把它交给才能兼备、清正的大臣，用来召集英雄豪杰，呼号振作，仍然可以希望中兴。如果竟然逍遥于湖上，在烟霞中潦倒，仍然沿袭贾似道的旧路，便会成为千古笑柄，名声已经完全败坏。再不然，像伯嚭渡江那样，那么我们越国本来就是报仇雪耻的国家，不是藏污纳垢的地方。我将首先奔赴胥涛，请求驾着素车白马来抵拒阁下；若触犯皇帝的盛怒，即使死也不能赎罪。阁下若按国法处置我，我就当束身等待缇骑来捕；若按私法处置我，我就当伸长脖子等待鉏麑来杀。』原任山西佥事郑之尹的儿子郑谦，在江上杀死招抚使，与张国维、方逢年、柯夏卿、宋之普、陈函辉、熊汝霖、孙嘉绩等人迎立鲁王于台州。朱大典也派孙珏上表劝鲁王即位。鲁王在绍兴监国，张国维首先上疏列举马士英误国的十大罪状。马士英害怕，不敢入朝。当时方逢年、张国维、宋之普、朱大典都任大学士。封方国安为荆国公，张鹏翼为永丰伯，郑遵谦为义兴伯，王之仁为武宁伯。方国安镇守严州，张鹏翼镇守衢州。张国维督师江上，赐上方剑，准许他便宜行事；他的儿子张世凤任平□将军。恢复御史陈潜夫原来的官职，加授太仆寺少卿，命他监督各藩镇的兵马。七月收复富阳，八月收复于潜。当时兵马云集，每个人各自统领一支军队，彼此没有统一指挥，部众骚乱。张国维上疏请求鲁王，说：『约定日期会战，那么敌军从那里出动、我军从这里出动，我军有轮番休息的便利，又能攻打坚固之处、袭击空虚之地，使敌人没有时间应对，这是取胜的办法。必须把各位将帅的心合成一颗心，然后使每个人的功劳和罪过，都看作一个人的功劳和罪过。』十月，清兵到来。方国安严阵以待，张国维率领王国斌、赵天祥前往接应，在草桥门追击交战，恰逢大风雨，火炮弓箭都不能发射，于是收兵。清兵在沿江修筑木城。恰逢福建颁发的诏书到达，各个求取富贵的人争相想要响应，监国下令返回台州，士民惶恐不安。张国维快马赶到绍兴，上疏给隆武帝，说：『国家遭逢大变，凡是高皇帝的子孙和臣民，都应当同心协力。成功以后，入关者封王，监国退居藩国，礼义名分清楚明白。如果按照伦常次序，叔侄之间的名分本来就已经确定，今天原本不需要改变。而且监国正当人心离散之日，辛苦地聚集众人，一旦向南朝拜奉正朔，福建方面又鞭长莫及，突然发生变故，就会唇亡齿寒，后悔也来不及了。我是老臣，难道是那种早晨侍奉秦国、晚上侍奉楚国的反复之徒吗！』奏疏发出后，议论才定下来，但浙江和福建已经势同水火。
闽饷不足，芝龙遣给事中梁应奇入粤督饷。应奇往，参迟误者数十人，命提问亦莫应。潮州知府杨球遂止越界，不敢入。芝龙又令抚按以下，皆捐俸助饷。官助之外有绅助，绅助之外有大户助。又借征次年钱粮，又察括府县库积年存银未解者，厘毫皆解。又大鬻官爵：部司价银三百两，后减至百两，武札仅数十两或数两。于是娼优厮隶尽列冠裳，然无俸无衙，空名而已。其黠者倩轩盖、雇仆役，拜谒官府，鞭挞里邻。晋江令金允治莅讼，两造皆称职官，则立而语，互殴于庭不可制。受害者延颈清兵，谣曰：『清行如蟹，曷迟其来』！然犹苦饷不足。所招关门兵，不过疲癃数百人耳。
时廷臣请出关者，章满公交车。隆武亦欲躬履行间，而芝龙以缺饷为辞。十月，会曾后至，迎入宫，乃暂止。初，隆武孤身南来，鸿逵以所掠美人十二献。及后至，乃大兴将作，扩构宫殿，卮匜之器，悉用黄金。开织造府，造龙袍，后下体服皆织龙凤形。后性警敏，颇知书，有贤能声。每召对奏事，于屏后听之，共决进止。隆武颇严惮之。而隆武未有胤。芝龙乃令子森赐国姓（？），改名成功。每隆武意所向，成功辄先得以告芝龙。由是廷臣无敢异同者。宰相半出门下。
何楷与芝龙争朝班，不合，乞归；中途盗截其耳，诏追贼不得。兵科给事中刘中藻，亦以忤郑氏去。或密以揽权告隆武，隆武辄责芝龙。芝龙怒，佯谢事；又即固留曰：『此非朕意，乃某人言也』。于是左右无一同心，皆郑人矣。
丙戌元旦早朝，以足板掷蒋德璟，几伤。邵武知府吴炆炜、推官朱健移眷他驻，坐倡逃；建阳知县施■〈火豦〉为奸胥摘发，坐贪酷，俱骈斩市曹。龙溪知县谢泰宗以贪参，罚八千金。杭严道龚可楷，航海至闽不用，有「■〈足虖〉尔蹴尔」之疏，终被贼杀死。而南来亡赖之徒争上疏谈兵，即得召对，片言合旨，赍宝锭，赐官爵。久之渐多，部曹几及千人。所赏，芝龙亦不应。然隆武心知芝龙不可恃，卒无以制之。
芝龙亦以不出关无以压众心，乃分兵为二，声言万人，实不满千人，以郑鸿逵为大元帅出浙东、郑彩为副元帅出江西。隆武仿淮阴故事，筑坛郊拜而送之。既出关，疏称候饷，驻不行。月余，内催二将檄如雨，而切责郑彩畏缩不前，自有国法在。不得已，踰关行四、五百里而还，仍疏言饷绝，留如故。于是黄道周以师相请募兵江西。江西多其子弟，愿俱效死军前。芝龙不与一钱，隆武给空札百函为行资而已。道周以札号召门下得百人，居吉安，与杨廷麟、万元吉为呼应。出兵徽州，为清兵所擒，械送江宁。道周绝粒不食，积十四日不死。内院洪承畴疏救，言『道周清节夙学，负有重望。今罪在不赦，而臣察江南人情，无不怜悯痛惜道周者，伏望皇上赦其重罪，待以不死』。上不允。寻同中书赖雍、蔡维谨等骈斩于市。
蒋德璟自请行关，确察情形，相机督战。隆武许之。比至，则疲兵弱卒、朽甲钝戈，一无可为。德璟告病去。而户部尚书李长倩以饷不继忧死。提学御史毛协恭亦愤卒。泉州知府邹式金见事不可为，擢兴永道副使，予告去。吏部郎中赵玉成与尚书张肯堂同籍江南，疏言『臣等生长海滨，请以水师千人，从海道直抵君山，袭取金陵，以迎陛下。计陛下陆行期，会同于金陵』。隆武大喜，亟催芝龙造艘。芝龙笑诺。会有疏水师诸臣宜留其家眷以防逃归者，事不果。隆武乃决意亲征。
二月，驻建宁。楚抚何腾蛟、江右杨廷麟皆有疏迎隆武。隆武意欲往江右，犹豫未定，而芝龙固请回省。省中人数万呼拥，谓绝天下望。因驻跸剑津，而任兵部尚书吴春枝留守，晋大学士；辞不受，留驻浦城。
六月，吴炳自江右单骑入关，命以布政提调棘闱，而以修编刘以修为主考官，取中举人叶瓒等百余名，犹雍雍太平象也。皇子诞生，群臣贺表，有「日月为明、止戈为武」语。隆武嗟赏，大赦覃恩。郑氏厮养，俱得三代诰，撰敕者、织轴者日不暇给。当是之时，兵羸饷绝，当事无谈及兵事者，举期如梦如醉，不待识者而知其败坏矣。
译福建军饷不足，郑芝龙派给事中梁应奇到广东督办军饷。梁应奇到任后，弹劾耽误军饷的人数十名，命令提审也没有人理会。潮州知府杨球于是停在边界，不敢进入。郑芝龙又命令巡抚、巡按以下的官员全部捐出俸禄帮助军饷。官员捐助之外还有绅士捐助，绅士捐助之外还有大户捐助。又借征收下一年的钱粮，又查验并搜括府县库中历年积存、尚未解送的银两，一厘一毫都解送上去。又大肆出售官爵：部司官职售价银三百两，后来降到一百两；武官札付只要几十两或几两。于是娼妓、优伶、仆役、差役都穿上官服列入官员行列，但没有俸禄，也没有衙门，只是空有名目而已。其中狡猾的人租用车盖、雇佣仆役，拜访官府，鞭打乡邻。晋江县令金允治审理诉讼时，原被告双方都自称是职官，于是站在那里争论，甚至在公堂上互相殴打，无法制止。受害的人伸长脖子盼望清兵到来，民间传言说：『清兵行军像螃蟹一样慢，为什么还不快来？』然而当地仍然苦于军饷不足。所招募的关门兵，不过是几百名衰弱病老之人罢了。当时廷臣请求出关，奏章堆满了公交车。隆武帝也想亲自到军队中去，但郑芝龙以军饷不足为理由阻止。十月，曾后到达，迎入宫中，这件事才暂时停止。起初，隆武帝孤身南来，郑鸿逵把掠来的十二名美人献给他。曾后到来后，便大规模兴建营造，扩建宫殿，酒器、食器等器物全都使用黄金。设置织造府，制造龙袍，皇后以下的服饰也都织成龙凤图案。曾后性情机警敏锐，很懂得读书，有贤能的声誉。每当召见大臣、听取奏事时，她就在屏风后听闻，与皇帝共同决定进退。隆武帝很严肃地敬畏她。可是隆武帝还没有子嗣。郑芝龙于是让自己的儿子郑森接受国姓，改名为郑成功。每当隆武帝心中有所倾向，郑成功总能先得知并告诉郑芝龙。因此朝廷大臣没有人敢提出不同意见。宰相中有一半出自郑芝龙门下。何楷因朝班次序与郑芝龙争执，关系不合，请求归乡；途中被盗贼截去耳朵，朝廷下诏追捕盗贼，却没有抓到。兵科给事中刘中藻也因触犯郑氏而离职。有人秘密把郑芝龙揽权的事告诉隆武帝，隆武帝总是责备芝龙。芝龙大怒，假装请求辞职；随后又立即坚决挽留，说：“这不是朕的意思，是某人说的。”于是左右近臣没有一个与皇帝同心，全都成了郑氏的人。丙戌年元旦早朝时，隆武帝把脚踏板掷向蒋德璟，几乎将他打伤。邵武知府吴炆炜、推官朱健把家眷迁往别处驻留，因被判定为倡导逃亡，和建阳知县施■〈火豦〉因被奸猾胥吏揭发，判定为贪婪残酷，一同在市曹处凌迟斩首。龙溪知县谢泰宗因贪污被参劾，罚金八千两。杭严道龚可楷渡海到福建，却没有被任用，曾上疏说“踢你、踹你”，最终被贼兵杀死。然而，南方来的亡命无赖之徒争相上疏谈论军事，立即就能获得召见对答；只要片言符合皇帝心意，便得到宝锭和官爵。时间一久，这样的人渐渐增多，部曹官员几乎达到千人。对于这些赏赐，郑芝龙也不表示赞同。不过，隆武帝心里知道不能依靠芝龙，最终却没有办法制约他。郑芝龙也认为如果不出关，就无法压服众人的心，于是把军队分成两部，声称有一万人，实际上不足千人：任郑鸿逵为大元帅，出兵浙东；任郑彩为副元帅，出兵江西。隆武帝仿效淮阴侯韩信的旧事，在郊外筑坛，亲自拜将送行。两军出关后，上疏称等待军饷，停驻不再前进。一个多月后，朝廷催促两将的檄文像雨点一样下发，并严厉责备郑彩畏缩不前，说自有国法在。两军不得已越过关隘前进四、五百里，便又返回，仍上疏说军饷断绝，照旧停留。于是黄道周以师相身份请求在江西招募士兵。江西有许多他的子弟，愿意一同到军前效死。郑芝龙不给一文钱，隆武帝只发给空白札书一百封作为路费。黄道周用札书召集门生部属，得到一百人，驻在吉安，与杨廷麟、万元吉互相呼应。出兵徽州后，被清兵擒获，用刑具押送到江宁。黄道周绝食不吃，连续十四天仍未死。内院洪承畴上疏营救，说：“道周一向以清正节操和学问著称，负有重大声望。如今他的罪行确实不可赦免，但臣观察江南人情，没有不怜悯痛惜道周的。伏望皇上赦免他的重罪，使他得以不死。”皇上不准。不久，黄道周与中书赖雍、蔡维谨等一同在市中被斩首。蒋德璟主动请求出关，确实察看形势，伺机督战。隆武帝答应了他。等他到达后，看到的却是疲惫的士兵、羸弱的部卒、腐朽的铠甲和钝旧的戈，完全没有什么可以作为的。德璟以患病为由离去。户部尚书李长倩因军饷接济不上而忧愤死去。提学御史毛协恭也因愤懑而死。泉州知府邹式金见事情已经无法挽救，被提升为兴永道副使，告假离去。吏部郎中赵玉成与尚书张肯堂同为江南人，上疏说：“臣等生长在海滨，请求率领水师一千人，从海道直抵君山，袭取金陵，以迎接陛下。臣等计划陛下陆路出行的日期，在金陵会合。”隆武帝大为高兴，急忙催促郑芝龙制造船只。芝龙笑着答应。恰逢有人上疏说，水师诸臣应当把家眷留在本地，以防他们逃回，这件事于是没有办成。隆武帝便决意亲自出征。二月，隆武帝驻在建宁。楚抚何腾蛟、江右杨廷麟都上疏迎接隆武帝。隆武帝打算前往江右，但仍犹豫未定；郑芝龙却坚决请求返回省城。省城中有数万人呼喊拥护，说这样就断绝了天下人的希望。于是隆武帝驻跸剑津，任命兵部尚书吴春枝留守，并晋升他为大学士；吴春枝推辞不接受，留在浦城驻守。六月，吴炳从江右单骑进入关内，奉命以布政提调身份主持棘闱考试，又任修编刘以修为主考官，录取举人叶瓒等一百多人，仍然是一派雍容的太平景象。皇子诞生，群臣上贺表，其中有“日月为明、止戈为武”的话。隆武帝叹赏不已，施行大赦并广施恩典。郑氏的厮养仆役，都得到追封三代的诰命，撰写诏敕的人和织造诰轴的人每天忙得没有空闲。这时军队羸弱、军饷断绝，掌权者却没有人谈及军务；举行科举的期限却像梦似醉一般照常进行，即使不等有见识的人，也知道政局已经败坏了。
时清朝招抚江南者为内院大学士洪承畴，招抚福建者为御史黄熙胤，皆晋江人，与芝龙同里。芝龙密遣使微行通款。而隆武独与鲁王为仇。都督陈谦奉鲁使，与行人林至关。及关，趑趄未敢入，芝龙以书招之，乃入陛见。启函，称皇叔父而不称陛下，隆武大怒，下廷议，皆下狱。芝龙疏救，不许。陈谦者，武进人也。乙酉春，赍弘光诏封芝龙为南安伯。比启读券，乃误书安南。谦谓芝龙曰：『安南则兼两广，南安仅一邑耳，请留券而易诏，更晋伯为侯』。芝龙大喜，厚赠而别。及半途而南京变。芝龙素德之。有镇江钱邦芑者，召对中旨，擢为监察御史，实出芝龙门下，而与隆武亲，最蒙信任。密启隆武：『陈谦为鲁心腹，与郑至交，不急除恐有内患』。或以告芝龙。芝龙谓刑所必经其门，临期救之未晚。至夜半，内传片纸，别移谦斩之。芝龙闻，伏尸哭极哀，以千金百布葬谦，为文以祭，有『我虽不杀伯仁、伯仁由我而死』之语。即疏称『海寇狎至，今三关饷取之臣，臣取之海，无海则无家，非遄征不可』。拜表即行。中使手敕云：『先生稍迟，朕与先生同行』。及之河，则飞帆过延平矣。芝龙既去，守关将施福尽撤兵还安平，声言缺饷；盖微闻钱塘信也。
钱塘自丙戌正月至三月，各营皆西望心碎。王之仁上疏监国，言『事起日，人人有垐直取黄龙之志。乃一败后，遽欲以钱塘为鸿沟。天下事，何忍言！臣今日计惟有前死一尺，愿以所隶沉船一战。今日欲死，犹战而死，他日即死，恐不能战也』！三月初一日，清兵驱船开堰入江。张国维命之仁统水师从江心袭战。是日东南风大起，之仁扬帆奋击之。国维督诸军渡江，会隆武使陆清源赍诏至江犒师。马士英唆国安斩之，且出檄文数隆武过。国维曰：『祸在此矣』！四月，杭州固守，坚不可克。鲁王议抽兵属国维西征；以礼部尚书余煌兼兵部尚书事，督师江上。清朝贝勒王屯兵北岸，以江涸可试马，用大炮击南营，碎方兵中厨锅灶。国安曰：『此天夺吾食也』。更念隆武曾以手敕相招，入闽必大用，即不支，便道可退入滇、黔。五月二十七日夜，遂拔营走至绍，陈兵劫监国南行。二十八日，江上诸师闻报俱溃。郑遵谦携赀入海。二十九日，惟王之仁一军尚在，将由江入海。国维与之仁议抽兵五千，分守各营。之仁泣曰：『坏天下事者非他人，方荆国也！清兵数十万屯北岸，倏然而渡，孤军何以迎敌？之仁有船可入海，公兵无船，速当自为计』！国维乃振旅追扈监国。礼部尚书余煌大张朱示，尽启九门，放兵民出走毕，正衣冠赴水死。六月初一日，清兵渡江。国维行次至黄石岩，方、马、阮兵断所过桥，桥下刻大字二行云：『方马至此，止□兵往前行』。国安、士英决计献监国为投降计，乃遣人守监国。守者忽病，监国得脱，登海舶，传命国维遏防四邑，遂过东阳，治兵再举；时六月十八日也。二十五日，清兵破义乌，众劝国维入山。国维曰：『误天下事者文山、迭山也，一死而已』！二十六日，清兵至七里寺。国维具衣冠，南向再拜曰：『臣力竭矣』！作绝命诗三章，自述曰：『艰难百战戴吾君，拒□辞唐气厉云。时去犹为朱氏鬼，精灵当傍孝陵坟』。念母曰：『一瞑纤尘不挂胸，惟哀耋母暮途穷。仁人锡类能无意，有殁衔恩结草同』。训子曰：『夙训诗书暂鼓钲，而今绝口莫谈兵。苍苍若肯施存恤，秉耒全身答所生』。从容具衣冠，赴园池死。兴国公王之仁载其妻妾并两子妇、幼女、诸孙尽沉于蛟门下，捧所封敕印北面再拜，投之水。独至松江，峨冠登陆，百姓骇愕聚观。之仁从容入见内院洪承畴，自称仁系前朝大帅，不肯身泛波涛，愿来投见，死于明处。承畴优以礼，命薙发，不从。八月二十四日，就戮西市。兵部侍郎陈函辉哭入云峰山中，作绝命词八首云：『生为大明之人，死作大明之鬼。笑指白云深处，萧然一无所累』。『子房始终为韩，穆叔生死为鲁。赤松千古成名，黄蘗寸心独苦』。『父母恩无可报，妻儿面不能亲。落日樵夫湖上，应怜故国孤臣』。『臣年五十有七，回头万事已毕。徒惭赤手擎天，惟见白虹贯日』。『去夏六月廿七，虚度一年世法。但严心内春秋，莫问人间花甲』。『斩尽一生情种，独留性地灵光。古衲共参文佛，麻衣泣拜高皇』。『手着遗文千卷，尚存副在名山。正学焚书亦出，所南心史难删』。『慧业降生文人，此去不留只字。惟将子孝臣忠，贻与世间同志』。又昨自祭文一、埋骨记一，从容笑语，扃户自经死。礼部侍郎王思任不食死。太仆少卿陈潜夫偕妻孟氏、妾孟氏，夫妻姊妹联臂共沉河死。兵部主事叶汝■〈艹〈木亘〉〉与妻王氏同溺死。兵部主事高岱绝食死，子诸生高朗赴水死。通政使吴从鲁不薙发死。原任山西佥事郑之尹沉水死。诸暨诸生方炯、山阴诸生朱玮赴水死。萧山诸生杨雪门自缢死。医生倪舜年正襟危坐磁缸内，命人掩覆，朗声诵佛死。
译当时，清朝负责招抚江南的是内院大学士洪承畴，负责招抚福建的是御史黄熙胤，两人都是晋江人，与郑芝龙同乡。芝龙秘密派遣使者，改装暗中前往通款。而隆武帝偏偏与鲁王结仇。都督陈谦奉鲁王使者之命，与行人林至一起到关口。到了关口，他们徘徊不敢进去，郑芝龙写信招呼他们，他们才入内朝见。打开信函后，信中称隆武帝为“皇叔父”，却不称“陛下”，隆武帝大怒，下交廷议，陈谦等人全被下狱。郑芝龙上疏营救，没有获准。陈谦是武进人。乙酉年春天，他带着弘光帝的诏书，封郑芝龙为南安伯。等到打开封爵凭券宣读时，才发现误写成了“安南”。陈谦对芝龙说：“封安南就兼有两广，封南安却只有一个县，请留下这张凭券，改换诏书，再把伯爵晋升为侯爵。”芝龙大为高兴，厚赠财物后与他告别。走到半途，南京发生变故。芝龙一向感念陈谦。镇江人钱邦芑曾奉召对答，因皇帝的中旨被提升为监察御史，实际上出自芝龙门下，却与隆武帝亲近，最受信任。他秘密启奏隆武帝说：“陈谦是鲁王的心腹，与郑芝龙交情深厚，如果不赶快除掉，恐怕会成为内患。”有人把这件事告诉了芝龙。芝龙说，陈谦行刑时必定要经过他的门前，到临刑时再救他也不晚。到了半夜，宫中传出一张小纸条，命令把陈谦另行押往别处斩首。郑芝龙听说后，伏在陈谦尸体上极其悲痛地哭泣，用千金和一百匹布为陈谦办理安葬，并写文章祭奠，其中有“我虽没有杀伯仁，伯仁却因我而死”的话。随即上疏说：“海寇接连逼近，如今三关的军饷都要靠臣取得；臣从海上取饷，没有海上收入就没有家业，非迅速出征不可。”拜送奏表后立即出发。中使手持诏敕说：“先生稍微迟一迟，朕和先生一同出行。”等他到了河边，芝龙却已经扬帆飞驰，越过延平去了。芝龙离开后，守关将领施福把守关军队全部撤回安平，声称军饷不足；这大概是暗中听到了钱塘方面的消息。钱塘从丙戌年正月到三月，各营将士都向西遥望，心中悲痛欲碎。王之仁上疏请鲁王监国，说：“事情发生那天，人人都有直取黄龙、收复失地的志向。可是一次失败之后，竟然马上想把钱塘当作鸿沟。天下的事情，怎么忍心说下去！臣今日的打算，只有先死在一尺之内，愿率所属部众沉船一战。今天想死，还能战斗着死；到了将来即使死，恐怕也不能战斗了！”三月初一日，清兵驱船扒开堰口进入江中。张国维命王之仁统领水师，从江心发动袭击。这天东南风大起，王之仁扬帆奋力攻击。张国维督促各军渡江，正逢隆武帝派陆清源带诏书到江边犒赏军队。马士英唆使国安将陆清源斩杀，并且发布檄文数说隆武帝的过错。张国维说：“祸患就在这里了！”四月，杭州坚守不出，清兵久攻不能攻克。鲁王商议抽调隶属张国维的军队西征；任礼部尚书余煌兼管兵部尚书事务，督率江上军队。清朝贝勒王在北岸屯兵，认为江水干涸可以试马，便用大炮轰击南营，把明军营中的厨房锅灶打得粉碎。国安说：“这是上天要夺走我们的粮食啊！”他又想到隆武帝曾亲自写诏敕招揽自己，入福建后必定会受到重用；即使支持不住，也可以取道退入滇、黔。五月二十七日夜，明军于是拔营逃到绍兴，陈兵劫持监国向南行进。二十八日，江上的各支军队听到消息后全都溃散。郑遵谦带着财物入海。二十九日，只有王之仁的一支军队还在，准备由江入海。张国维与王之仁商议抽调五千兵，分别守卫各营。王之仁哭着说：“坏掉天下大事的不是别人，正是方荆国啊！清兵数十万驻扎在北岸，突然渡江，孤军凭什么迎敌？我有船可以入海，您的军队没有船，应当赶快自己打算！”张国维于是整顿军队，追随护卫监国。礼部尚书余煌大张朱示，打开九座城门，放任军民全部出逃，整理好衣冠后投水而死。六月初一日，清兵渡江。张国维行军到黄石岩，方兵、马兵、阮兵截断了道路上的桥梁，桥下刻着两行大字：“方马至此，止□兵往前行。”国安、士英决定献出监国作为投降的条件，于是派人看守监国。守卫者忽然生病，监国得以逃脱，登上海船，传令张国维阻挡防守四个县，于是经过东阳，整顿军队准备再次起兵；这时是六月十八日。二十五日，清兵攻破义乌，众人劝张国维进山。张国维说：“误坏天下大事的是文山、叠山，我只有一死罢了！” 二十六日，清兵到达七里寺。张国维穿戴好衣冠，面向南方拜了两拜，说：“臣的力量已经用尽了。”他写下三章绝命诗，自述道：“历经百战艰难拥戴我的君主，拒绝□朝而死，气势凌厉直冲云霄。时运既去，仍愿做朱氏的鬼魂，精魂应当陪伴孝陵的坟墓。”想到母亲时说：“一闭眼，胸中纤尘也不挂，唯独悲哀年老的母亲走投无路。仁人施恩推及同类，怎能没有情意？即使死去，也将含恩结草相报。”训诫儿子时说：“早年教你读诗书，暂且也曾击鼓鸣钲；如今闭口不要再谈兵事。苍天如果肯施加存恤，你就拿起农具保全自身，以报答养育你的父母。”他从容穿戴整齐衣冠，走到园池赴水而死。兴国公王之仁把妻妾、两个儿媳、幼女和诸孙全部载入船中，在蛟门下沉水，又捧着所封的敕书和印信，向北拜了两拜，投入水中。他独自到了松江，戴着高冠上岸，百姓惊骇诧异，聚集观看。王之仁从容入见内院洪承畴，自称王仁，是前朝大帅，不愿自身漂泊在风涛中，愿意前来投见，死也要死在明白处。洪承畴以优厚礼节接待他，命令他剃发，他不服从。八月二十四日，在西市被杀。兵部侍郎陈函辉哭着进入云峰山中，作绝命词八首，说：“活着是大明的人，死后做大明的鬼。” “笑着指向白云深处，清冷孤寂，身上没有一点牵累。”“张良始终效忠韩国，穆叔生死都属于鲁国。赤松子千古成名，黄檗禅师却独自承受内心的苦楚。”“父母的恩德无法报答，妻儿的面容也不能亲见。夕阳下湖上的樵夫，应当怜悯故国的孤臣。”“臣年五十有七，回头看世间万事都已了结。只是惭愧凭空手想要支撑苍天，只看见白虹贯日。”“去年夏天六月二十七日，白白度过了一年的世间法则。只当严守心中的《春秋》，不要去问人间的花甲年岁。”“斩断一生的情感种子，只独自留下本性的灵光。与古代僧人共同参悟文佛，穿着麻衣哭拜高皇。”“亲手写下遗文千卷，还有副本保存在名山。方孝孺焚毁的书也重新出现，郑思肖的《心史》难以删改。”“以智慧功业降生为文人，这一去不留下只字片言。只把子女孝顺、臣下忠贞的道理，留给世间志同道合的人。”他又写了自祭文一篇、埋骨记一篇，从容谈笑，关上门自缢而死。礼部侍郎王思任绝食而死。太仆少卿陈潜夫与妻孟氏、妾孟氏，夫妻姊妹手挽手一同沉河而死。兵部主事叶汝■〈艹〈木亘〉〉与妻王氏一同溺死。兵部主事高岱绝食而死，他的儿子诸生高朗投水而死。通政使吴从鲁不肯剃发而死。原任山西佥事郑之尹投水而死。诸暨诸生方炯、山阴诸生朱玮投水而死。萧山诸生杨雪门自缢而死。医生倪舜年端正衣襟，危坐在磁缸中，命人把缸盖上，放声诵佛而死。
清兵至金华，大学士朱大典固守，攻月余不下，用红衣大炮破之。大典合门纵火焚死；其子师郑邠，武进人，亦死。总兵张鹏翼守衢州，标下副将秦应科内应，城破，鹏翼及乐安王、楚王、晋平王皆被杀。督学御史王景亮被执，不顺遇害。马士英、阮大铖等犹拥残兵，数请入关，隆武以其罪大不许。马士英遁至台州山寺为僧，随为清将搜获。阮大铖迎降，贝勒随令内院办事。方逢年、方国安及刑部尚书苏壮等俱薙发投顺。
是时旧抚田兵及方兵、郑兵，号三家兵，或离或合，逶迤而南；所至劫掠，或挟妇女坐山头，呼卢浮白，漫衍岭界者四、五日。后关门无一守兵，亦无一敌兵，寂如也。又数日，清骑数十，从容过岭。然清兵入闽，或由建、或由汀、或由福宁，俱走山谷间道出不意，不必仙霞也。溃兵先奔者，焚掠为食。至建宁，科臣黄大鹏、按臣郑为虹闭城发仓米库银以犒，欢呼而去，一郡独全。八月十七日，清兵至浦，百姓请出降，为虹不可。再请行，为虹又不可。未几，清兵至，拥见贝勒。众迫跪，为虹不屈。贝勒嘉其节，不忍杀，且劝薙发。为虹曰：『负国不忠，辱先不孝。忠孝俱亏，我生何用？宁求速死，发不可断也』。明日复召见，责输饷。为虹谓『清白吏何处可得金』？百姓争欲代输，赎以不死；为虹以民穷财尽，持不可，喷血大骂。贝勒下令斩之，为虹大喊奋跃，夺刀自刺胸不死，遂见杀。大鹏同日殉难。为虹义仆陈龙，与标下中军游击原□、浦城千户张万明及子都司张翘鸾、都督洪祖烈从死。百姓为之祠焉。
隆武自芝龙去后，乃定计幸赣。八月二十一日启行，犹载书十车以从，二十四日抵顺昌，闻清兵已及剑津，且踵至，仓皇骑而奔，从行者止何吾驺、郭维经、朱继祚、黄鸣俊数人。已而，何与郭亦散去。
清兵至顺昌，搜龙扛，得马士英、阮大铖、方国安父子、方逢年连名请驾出关为内应疏，在已降后。大铖方游山，自投崖死，仍戮尸。士英等三人骈斩延平城下，家眷百余口悉给赐兵丁。
清兵过延平而东，独陈谦之子帅数骑追驾，为其父报仇，及于汀州。时隆武将入赣，因停一日，曝龙凤衣，是以及于难。并擒曾后及护驾官朱继祚、黄鸣俊，械至福州。贝勒斩隆武及后于市。继祚勒致仕，旋为乱兵所杀。鸣俊许授五品官，以老疾辞免。礼部尚书曹学佺、通政使马思理俱缢死。别遣李成栋、韩固山略定兴、泉、汀、邵、漳州等处。九月初八日入泉州，德化知县陈元青迎降。大学士蒋德璟绝食死之。十五日，至汀州。十月十九日，入漳州。漳州道傅从龙、知府金丽泽以城降，皆仍旧职任事。不三日，乡兵起，杀从龙、丽泽。
初，清兵未至泉州，郑芝豹先至，闭城门大索饷，皆计乡绅家财勒取。不应，即枭首，至缚亲家母于庭，抵暮得数万。又具火手五百，将尽焚城中宫室，以饷未足，迟至明日。俄报固山兵将至，乃奔安平。芝龙保安平，军容烜赫，战舰齐备，炮声不绝震天地。以前遣洪、黄之信未通，犹豫未敢迎师。又自恃先撤关兵，无一矢相加有大功，而两广素属部下，若招两广以自效，闽广总督可得，犹南面王也。贝勒令泉绅郭必昌与芝龙最厚者招之。芝龙曰：『吾非不忠于清，恐以立王为罪耳』。会固山兵逼安平，芝龙怒曰：『既招我，何相逼也』！贝勒闻，乃切责固山，令离安平三十里勿驻军。而遣内院二人持书至安平，略曰：『吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为，必竭其力；力尽不胜天，则投明而事，乘时建不世之功，此豪杰事也。若将军不辅立，吾何用将军哉！且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。吾所以欲将军来见者，欲商地方人才故也』。芝龙得书大悦。其子弟皆劝芝龙入海，鱼不可脱于渊，不愿降。而芝龙田园遍闽广，秉政以来，增置庄仓五百余所，驽马恋栈，遂进降表。过泉州，大张播告，夸投诚之勋；犹持贝勒书，招摇得官者就议价。十一月十五日，至福州，朝见贝勒，握手甚欢，折箭为誓。遂命酒痛饮，饮三日，夜半忽拔营起，遂挟之而北矣。从者五百人，皆别营不得见，亦不许通家信。芝龙对面作家书数封，皆嘱无忘清朝大恩语。而谓贝勒曰：『北上面君，乃龙本愿；但子弟多不肖，今拥兵海上，倘有不测，奈何』？贝勒曰：『此与尔无与，亦非吾所虑也』。
芝龙既行，郑彩、郑鸿逵、郑成功皆率所部入海，张肯堂、沈犹龙等亦往舟山依鲁王，芝豹独奉母居安平。芝龙至京陛见，奉朝请。秋，郑彩、郑成功复又杀掠漳、泉诸县，皆破之，汀、邵并乱；据建宁，闽邮为阻。
戊子夏，清兵再入闽破建宁，屠之，直抵漳、泉，郑兵皆遁入海，至今沿海诸郡犹未得宁。
译清兵到达金华，大学士朱大典坚守城池，清兵攻了一个多月仍未攻下，便使用红衣大炮攻破城池。朱大典全家放火焚烧而死；他的儿子师郑邠，是武进人，也死了。总兵张鹏翼守卫衢州，标下副将秦应科在城内接应清兵，城池被攻破，张鹏翼以及乐安王、楚王、晋平王都被杀。督学御史王景亮被擒后，不肯顺从，遭到杀害。马士英、阮大铖等人还拥有什么残兵，多次请求入关，隆武帝因他们罪行重大而不准。马士英逃到台州山寺做和尚，随即被清将搜捕擒获。阮大铖迎接清军投降，贝勒随即命他在内院办事。方逢年、方国安以及刑部尚书苏壮等人都剃发投降归顺。当时，旧抚田兵以及方兵、郑兵，号称三家兵，有时分离，有时会合，曲折缓慢地向南行进；所到之处都抢劫，有时挟持妇女坐在山头，呼卢饮酒，连续在山岭边界间横行四、五天。后来关门处没有一个守兵，也没有一个敌兵，寂静得像什么都没有。又过了几天，几十名清骑从容越过山岭。然而清兵进入福建，有的从建宁方向来，有的从汀州方向来，有的从福宁方向来，全都从山谷间的小路出兵，出其不意，并不一定经过仙霞关。溃兵中先逃奔的人，靠焚烧抢掠所得来充饥。清兵到达建宁时，科臣黄大鹏、按臣郑为虹关闭城门，打开仓库发放米粮和库银犒劳清兵；清兵欢呼着离去，整个郡只有这里保全下来。八月十七日，清兵到达浦城，百姓请求出城投降，郑为虹不答应。百姓再次请求出城，郑为虹又不答应。不久清兵到达，把他拥送到贝勒面前。众人逼他下跪，郑为虹不屈。贝勒赞赏他的气节，不忍杀他，还劝他剃发。郑为虹说：“背弃国家是不忠，辱没先祖是不孝。忠孝都亏缺了，我活着还有什么用？我宁愿请求快点死，头发不能剪断。”第二天，贝勒再次召见他，责令他缴纳军饷。郑为虹说：“清白的官吏到哪里能得到金钱？”百姓争着要替他缴纳，赎他不死；郑为虹认为百姓已经贫穷、财物已经耗尽，坚持不肯，喷血大骂。贝勒下令斩杀他，郑为虹大声呼喊，奋力跃起，夺刀刺向自己的胸口却没有死，于是仍被杀害。黄大鹏在同一天殉难。郑为虹的义仆陈龙，以及标下中军游击原□、浦城千户张万明和他的儿子都司张翘鸾、都督洪祖烈，都跟随他一起死去。百姓为他们建立祠堂。隆武帝自从郑芝龙离开后，便决定前往赣地。八月二十一日出发时，仍然带着十车书籍随行；二十四日到达顺昌，听说清兵已经到达剑津，而且正在接踵而来，便仓皇骑马奔逃，随行的只有何吾驺、郭维经、朱继祚、黄鸣俊几个人。不久，何吾驺和郭维经也离散而去。清兵到达顺昌，搜查龙扛，发现了马士英、阮大铖、方国安父子、方逢年署名联名请求皇帝出关、作为内应的奏疏，而这些奏疏是在他们投降以后写的。阮大铖当时正在游山，自己投崖而死，清兵仍将他的尸体戮辱。马士英等三人一同在延平城下被斩首，他们的家眷一百多人全部赏赐给士兵。清兵经过延平向东进军，只有陈谦的儿子率领几名骑兵追赶皇帝，为父亲报仇，追到汀州。当时隆武帝正要进入赣地，因此停留了一天，晾晒龙凤衣，因而被追上并遭遇灾难。清兵还擒获曾皇后以及护驾官朱继祚、黄鸣俊，用刑具押送到福州。贝勒在市中斩杀隆武帝和皇后。朱继祚被勒令致仕，不久被乱兵杀死。黄鸣俊被许诺授予五品官，但以年老多病辞免。礼部尚书曹学佺、通政使马思理都自缢而死。清军另行派遣李成栋、韩固山攻取平定兴化、泉州、汀州、邵武、漳州等地。九月初八日进入泉州，德化知县陈元青迎接清军投降。大学士蒋德璟绝食而死。十五日，清军到达汀州。十月十九日，进入漳州。漳州道傅从龙、知府金丽泽献城投降，都仍任原职办事。不到三天，乡兵起事，杀死傅从龙、金丽泽。起初，清兵还没有到泉州时，郑芝豹先到达，关闭城门，大肆搜取军饷，都是按照数目勒索乡绅家的财产。不答应的，就砍下首级；甚至把亲家母捆在庭院里，直到傍晚取得数万财物。又准备了五百名火手，准备把城中的宫室全部焚毁，只因军饷还不够，才推迟到第二天。忽然得到报告，说固山兵将要到达，于是逃往安平。郑芝龙保守安平，军容显赫，战船整齐完备，炮声不断，震动天地。由于先前派出的洪、黄二人的书信还没有送到，他犹豫着不敢迎接清军。又自恃自己先前撤去关兵，没有发生一箭相加却已经立下大功，而且两广一向隶属于自己的部下；如果招抚两广使其为自己效力，就能得到闽广总督的职位，仍然可以做南面称王的人。贝勒命令与芝龙交情最深的泉州乡绅郭必昌去招降他。芝龙说：“我不是不愿忠于清朝，只是怕因为拥立藩王而获罪。”恰逢固山兵逼近安平，芝龙愤怒地说：“既然招抚我，为什么又这样逼迫我！”贝勒听到后，便严厉责备固山，命令他离开安平三十里，不得驻军。又派内院两人带着书信到安平，大意说：“我之所以看重将军，是因为将军能够拥立唐藩。臣下侍奉君主，如果有可以作为的事情，就一定竭尽力量；力量用尽仍不能胜过天命，就投奔明朝而侍奉它，乘时建立不世之功，这是豪杰所做的事。“如果将军不辅佐拥立君主，我还要将军做什么呢！况且两粤还没有平定，现在已经铸造了闽粤总督的印信来等待将军。我之所以想让将军来见面，是想和你商议地方人才的事情。”郑芝龙得到书信后非常高兴。他的子弟都劝芝龙入海，说鱼不能脱离深渊，不愿投降。但芝龙的田园遍布闽、粤，自从掌政以来，又增置庄园、仓库五百多所，像劣马留恋马槽一样，最终还是上了投降表。经过泉州时，大肆张贴告示，夸耀投诚的功劳；还拿着贝勒的书信招摇，召集那些想做官的人来议定价钱。十一月十五日，到达福州，朝见贝勒，两人握手十分欢洽，并折断箭杆起誓。于是下令摆酒痛饮，一连饮酒三日，半夜忽然拔营出发，便挟持着他向北去了。随从共有五百人，都另行驻营，不能与外界见面，也不许他们向家中通报消息。郑芝龙当面写了几封家书，都嘱咐家人不要忘记清朝的大恩。他又对贝勒说：“北上面见皇帝，本来就是我的心愿；只是我的子弟大多不肖，如今拥兵在海上，倘若发生意外，怎么办呢？”贝勒说：“这与你无关，也不是我所担心的事。” 郑芝龙走后，郑彩、郑鸿逵、郑成功都率领所部进入海上，张肯堂、沈犹龙等也前往舟山依附鲁王，只有郑芝豹奉母亲住在安平。郑芝龙到京城陛见，接受朝廷征召。秋天，郑彩、郑成功又杀掠漳州、泉州各县，把各县都攻破了，汀州、邵州也一同发生动乱；他们占据建宁，使闽地的驿路受阻。戊子年夏天，清兵再次进入福建，攻破建宁并屠城，直抵漳州、泉州，郑军都逃入海中，直到现在沿海各郡仍然没有安宁。
先是，福州既失，两广总督丁魁楚与广西巡抚瞿式耜会议监国，而阁学兵部尚书吕大器自闽至，原任兵部尚书李永茂以守制并至。式耜首言监国永明王贤，且为神宗嫡孙，应立。永明王讳由榔，桂王之子。初封衡阳，以寇乱，徙寓梧。会桂王已薨，永明犹在衰绖中也；于十月十四日监国，改元永历，以肇庆府署为行宫，推置僚署有差。魁楚、大器俱为大学士，式耜以吏部右侍郎兼阁学掌铨事；魁楚兼戎政，大器兼中枢，永茂请终制。而福建旧相苏观生、何吾驺俱遁回广东，与布政使顾元镜于十一月拥立隆武弟唐王聿■〈金粤〉监国，年号绍武，以都司署为行宫。会赣州败书至，司礼太监王坤趣永历移梧避之。式耜谓『今日之立，为祖宗雪仇耻，正宜奋大勇以号远近。东人复不靖，苟自懦，外弃门户、内衅萧墙，国何以立』？争之不得，遂移梧。寻还肇庆。
故大学士陈子壮书达式耜，请力馘苏，而趣兵东。永历遣兵科给事彭耀往谕之。耀，粤东人，旧为秦令，有能声，譬晓伦序监国先后、国家仇仇利害。观生等杀耀于市，日集兵向肇庆。右司马林佳鼎督兵靖东郊。东将诈降，陷佳鼎没于水，东人益獗。式耜疏言：『草昧之初，惟养圣德、修纪纲、慎政教、挽人心、布威武、起用人望、招徕贤俊为首务』。王坤者，固北阉，自南都失而入闽，隆武遣出，兹用司礼秉笔。有户部郎中周鼎瀚，内批改给事中。瞿式耜力言不可，不听。以粤巡使王化澄升粤督，寻代佳鼎晋少司马掌中枢。大器先以病去矣。内批升化澄为大司马。式耜疏言：『化澄诚贤，有廷论；斜封墨敕，何可为例？请补部疏，尚得体』。盖汲汲为阉预虑也。
晋永茂大学士。茂守制，佥请专知经筵，不入直。茂疏荐十五人为十五省乡望。疏上，王坤启视，殊不悦。未几，十四人皆朱之，山西道御史刘湘客一斥。永茂怫然曰：『朝廷方以经筵责茂。茂以十五省人进，非私也。斥湘客者，斥茂也』！即日解舟去。式耜疏言：『大臣论荐，新朝盛事，司礼监辄去取其间，无以服御史，何以安大臣』？王坤复疏荐海内硕卿十数人，式耜又言：『司礼抑人不可，荐人更不可』。吏部都给事中刘鼒等疏论：『坤内臣不得荐人』。永历怒，叱逐鼒等。式耜力持之，得复用。御史童琳参都御史周光夏，越资序，题差用，私乱台规，非法；命廷杖琳，式耜力救得免。升翰林院检讨方以智为中允，改御史刘湘客为编修，充经筵讲官，坤不悦。湘客且疑刘鼒疏出以智手，以智放舟去。时十二月十五日。
清朝总兵李成栋兵薄广州，命前锋数十人，以红布裹头，扮作广军，直至城下，夺门而入。副将杜永和擒绍武并周王、益王、辽王等，尽斩之。苏观生伏诛。顾元镜、何吾驺皆投诚，百姓薙发归顺。时有石、马、徐、郑四姓，联■〈舟宗〉海上，花山杨光林亦拥众数万，水陆交讧，民不聊生。成栋相机剿抚，于二十三日发兵南韶，而亲下肇庆。二十五日闻报，式耜请视师，督战士驻峡口。王坤复请永历西避之；式耜争之不听，遂驾小艇上西峡。丁亥正月朔至梧州。时丁魁楚惑于奸弁苏聘，从梧西走岑溪。王化澄走浔州。随行者止式耜一人。是月十六日，成栋克定肇庆，随发副将杨文甫、张月领兵克取高、雷、廉三郡，即于二十九日一鼓而入梧州。广西巡抚曹烨出降，梧属俱遍令纳印。及南雄、韶州二府报捷，别遣副将阎可义等前赴琼州。
二月，永历抵桂林。式耜肃殿陛，敕守御，诞告楚、蜀各镇。粤西居山川上游，桂诚可都，疏请道里之可达桂林者。王锡衮、文安之为相，周堪赓、郭都贤、刘远生为六卿。时给事中丁时魁疏论新政，烺烺石划；召掌礼科。给事中金堡素有清直声，终制，敕召还。何腾蛟晋阁学督师。而丁魁楚在岑溪，屯兵千余，清朝招之不服。乃水陆设伏，大战藤江，丁兵败，魁楚中箭死之。隰江、平乐相继投顺，高、雷、廉三府俱报捷。四月，清兵渡海，克定琼州。
方警报之迭至也，王坤又趣永历往楚。式耜上疏，言胜负存亡、山川要害甚激切；略曰：『驾不幸楚，楚师得以展布，自有出楚之期。兹半年之内，三、四播迁，民心、兵心狐疑局促，如飞瓦翻手散而复手合』。又曰：『在粤而粤在，去粤而粤危。我进一步，则人亦进一步；我去速一日，则人来亦速一日』。又曰：『楚不可遽往，粤不可轻弃。今日勿遽往，则往也易；今日若轻弃，则更入也难』。又曰：『海内幅■〈巾员〉，止此一隅。以全盛视西粤，则一隅似小；而就粤西恢中原，则一隅甚大。若弃而不守，愚者亦知其拱手送矣』。擎跪涕泣，不可挽；无已，请身留桂。乃命式耜留守桂林，各路悉秉节制。式耜仍疏请暂驻全州，以扼楚、粤之中。
译在这以前，福州失守后，两广总督丁魁楚与广西巡抚瞿式耜商议拥立监国；阁学、兵部尚书吕大器从福建到来，原任兵部尚书李永茂也因守制一同到来。瞿式耜首先说，监国永明王贤能，而且是神宗的嫡孙，应当拥立。永明王名由榔，是桂王的儿子。起初封为衡阳王，因寇乱而迁居梧州。恰逢桂王已经去世，永明王仍在服丧之中；十月十四日，他任监国，改年号为永历，以肇庆府署作为行宫，分别设置各级僚属官署。丁魁楚、吕大器都任大学士，瞿式耜以吏部右侍郎兼任阁学，掌管铨选事务；丁魁楚兼管戎政，吕大器兼管中枢，李永茂请求服满丧制。福建原来的宰相苏观生、何吾驺都逃回广东，与布政使顾元镜在十一月拥立隆武帝的弟弟唐王聿■〈金粤〉为监国，年号绍武，以都司署作为行宫。恰逢赣州战败的消息传来，司礼太监王坤催促永历迁往梧州躲避。瞿式耜说：“今天拥立监国，是为了替祖宗洗雪仇恨和耻辱，正应当奋发大勇，使远近都知道。东边的人又没有安定，如果只是一味怯懦，对外丢弃门户，对内引发萧墙之祸，国家凭什么建立？” 争论没有结果，于是迁往梧州。不久又回到肇庆。原大学士陈子壮写信送给瞿式耜，请求竭力斩杀苏观生，并催促军队向东进军。永历派兵科给事中彭耀前去晓谕他们。彭耀是粤东人，过去任秦县县令，以有才干而闻名，他用道理说明监国拥立的先后、国家的仇恨与利害。苏观生等人在市集上杀死彭耀，每天集结军队进攻肇庆。右司马林佳鼎督军守卫东郊。东边的将领诈降，使林佳鼎陷入水中而死，东边的人更加猖獗。瞿式耜上疏说：“创业草创之初，首要事务是培养圣德、整顿纲纪、谨慎政教、挽回人心、布置威武、起用有声望的人才、招揽贤能俊杰。”王坤本是北方的宦官，自南京失守后进入福建，隆武帝将他遣出，如今任司礼监秉笔太监。有户部郎中周鼎瀚，凭内批改任给事中。瞿式耜竭力说不可，王不听。将广东巡使王化澄升任两广总督，不久又代替林佳鼎晋升少司马，掌管中枢。吕大器此前已因病离职。又以内批升王化澄为大司马。瞿式耜上疏说：“王化澄确实贤能，也有朝廷中的议论作为依据；但用斜封墨敕，怎么可以成为先例？请补发正式的部疏，这样才合乎体制。”这实际上是急切地替宦官预先考虑。晋升李永茂为大学士。李永茂正在守制，众人请求让他专门掌管经筵，不入内值班。李永茂上疏推荐十五名各省有乡望的人才。奏疏送上后，王坤启封查看，非常不高兴。不久，十四人都被朱笔批驳，只有山西道御史刘湘客被斥退。李永茂愤然说：“朝廷正因为经筵的事责成我。我推荐十五省的人才，并不是出于私心。斥退刘湘客，就是在斥退我！”当天就解船离开。瞿式耜上疏说：“大臣评论、推荐人才，是新朝的盛事，司礼监却任意取舍其中的人选，使御史无法信服，又怎么能使大臣安心？”王坤又上疏推荐海内十多个硕学重臣，瞿式耜再次说：“司礼监压制人才不可以，推荐人才更不可以。”吏部都给事中刘鼒等上疏弹劾说：“王坤作为内臣，不得推荐人才。”永历发怒，斥责并驱逐刘鼒等人。瞿式耜竭力坚持，刘鼒等才得以恢复任用。御史童琳弹劾都御史周光夏越过资历和次序，题请任用，私自扰乱御史台规制，属于非法；朝廷命令廷杖童琳，瞿式耜竭力营救，才得以免刑。升翰林院检讨方以智为中允，改御史刘湘客为编修，充任经筵讲官，王坤对此不高兴。刘湘客又怀疑刘鼒的奏疏出自方以智之手，方以智于是乘船离去。当时是十二月十五日。清朝总兵李成栋的军队逼近广州，命令几十名先锋用红布包头，假扮广军，直抵城下，夺门而入。副将杜永和擒获绍武帝以及周王、益王、辽王等，将他们全部斩杀。苏观生被捕杀。顾元镜、何吾驺都投诚，百姓剃发归顺。当时有石、马、徐、郑四姓联合在海上，花山的杨光林也聚集数万人，水陆交战不断，百姓无法生活。李成栋相机采取剿灭或安抚的办法，二十三日发兵南韶，自己亲自向肇庆进军。二十五日听到消息，瞿式耜请求前往督察军队，督率将士驻扎在峡口。王坤又请求永历向西躲避，瞿式耜争辩而未被采纳，于是乘小船向西峡而去。丁亥年正月初一到达梧州。当时丁魁楚受奸佞苏聘的迷惑，从梧州向西逃往岑溪。王化澄逃往浔州。随行的只有瞿式耜一人。这一月十六日，李成栋攻克并平定肇庆，随即派副将杨文甫、张月率兵攻取高州、雷州、廉州三郡，又于二十九日一举攻入梧州。广西巡抚曹烨出城投降，梧州所属各地都被命令交纳官印。等到南雄、韶州二府传来报捷，又另派副将阎可义等先行前往琼州。二月，永历到达桂林。瞿式耜整肃殿陛，命令守御，并向楚、蜀各镇发布诏告。粤西位于山川的上游，桂林确实可以建都，于是上疏请求修通能够通达桂林的道路。王锡衮、文安之任宰相，周堪赓、郭都贤、刘远生任六卿。当时给事中丁时魁上疏评论新政，言辞鲜明有力，像刀刻石上；朝廷召他掌管礼科。给事中金堡一向有清廉正直的声誉，服满丧制后，奉诏召回。何腾蛟晋升阁学，任督师。丁魁楚在岑溪，驻兵一千多人，清朝招降他，他不肯服从。于是清军在水陆设下埋伏，在藤江大战，丁军战败，丁魁楚中箭而死。隰江、平乐相继投顺，高州、雷州、廉州三府都报捷。四月，清兵渡海，攻克并平定琼州。正当警报接连传来的时候，王坤又催促永历前往楚地。瞿式耜上疏，十分激切地说明胜负存亡以及山川形势的要害，大意说：“如果皇上的车驾不幸到了楚地，楚地的军队就能得以施展，自然会有出楚之日。如今半年之内已经三、四次迁徙，民心、军心疑惑而局促，就像飞起的瓦片，翻手便散，复翻手又合。”又说：“留在广东，广东就能保住；离开广东，广东就危险。我前进一步，别人也会前进一步；我早走一天，敌人也会早来一天。”又说：“楚地不能仓促前往，广东也不能轻易放弃。今天不仓促前往，将来前往还容易；今天如果轻易放弃，将来再想进入就困难了。”又说：“海内广大疆域，如今只剩下这一隅。拿全盛时期来看西粤，这一隅似乎很小；但就凭粤西来恢复中原，这一隅就非常大。如果放弃而不守，连愚人也知道这是拱手把它送给别人。”何腾蛟跪下哭泣，也无法挽留；没有办法，只请求自己留在桂林。于是命瞿式耜留守桂林，各路军队都听从他的节制。瞿式耜仍然上疏请求暂时驻守全州，以扼守楚、粤之间。
当平乐之不守也，清兵直薄桂林。三月十一日，冲入文昌门，城中大恐。时焦琏自全甫归，从数人，控弦提刀，与清兵接战，稍却之。清兵屯阳朔，遍野俱薙发。式耜与琏危城孤守，疏诣全，征安国公刘承胤兵。承胤初从武岗入护，犹持正守法，逐司礼王坤为弄权，面叱周鼎瀚为奉寺鼻息；故雅重式耜，发兵数千援桂。未几，承胤请金吾郭承昊、马吉翔、严云从封伯；御史毛寿登驳参金吾无矢石功，何得援边镇例晋五等？吉翔等疑疏出湘客指，鼎瀚遂造蜚语，为董卓、■〈榷，氵代木〉、汜之议，激承胤怒，逼永历立命廷杖，而缚寿登、湘客及御史吴德操、给事中万六吉于午门外。会诸臣申救得免，寿登等俱落职。承胤益横，胁劫永历幸武岗。式耜疏留全阳，曰：『闻郊社礼成，即图移驾。不知移驾将回桂林耶？抑幸武岗、辰、沅耶？今日原以恢复两粤为心，则不徒西粤未恢不可移动，即东粤未恢亦且当驻全也』。故承胤等嗾杖湘客等，以湘主还跸桂林之议也。承胤诸部至桂，挟饷不出兵。式耜搜括库藏而外，捐囊万金，夫人邵亦捐簪珥数百。兵卒不肯出，与焦兵主客不和，哗变击斗，掠市而去，为五月十四日。永历竟驻武岗。
五月二十五日，清兵侦兵变，积雨城坏，环攻桂城；吏士皆无人色。琏负创奋臂，呼督师抚按，肘羽腹石，分门婴守，用西洋铳击中马骑。寻出城战，奋勇击杀，自辰抵午不及餐；式耜括署中米蒸饭分哺之，士卒俱乐用命。明日，复出战，清兵旋去。式耜先令路将马之骥伏于隔江，犄角接应，固圉倍慎。是三月之内，危于清、乱于兵，式耜一手指挥，琏乃得底定。琏久将桂，得桂人心，式耜国士遇之，故独得琏死力。以保桂功，晋式耜兼太子太师、临桂世伯。式耜辞不拜。疏上不允，复请告自劾，言『自二月十五以迄五月二十九，此百六日中，遇变者三，皆极危险。变故当前，总办一「死」字，亦遂不生恐怖、不起愁烦，惟是臣之病不独在身而在心，不徒在形而在神。身与形之病可疗也，心与神之病不可医也』。又疏再请返跸全阳，卒不听。乃督琏恢朔下平。邦传由宾、柳亦及浔，并复梧。至八月，具疏上言粤西全定，请还桂林，昭告兴陵。
时巡道严起恒以仪表魁梧，拜大学士。督师何腾蛟驻衡州，堵胤锡驻长沙。讵清朝三王平定长沙，而衡州相继尽失。总兵黄朝选、杨国栋等被执，尸几断流。八月二十四日，武岗复败。永历又播越入粤，次柳州。式耜屡疏，极言不可他移一步：『滇、黔地荒势隔，忠义心涣。三百年之土地，仅存粤西一线。且山川形胜、兵马糗粮，俱有可恃』。时督师何腾蛟、新辅严起恒及刘湘客咸至桂，南安侯郝永忠率兵骤至，宜章伯卢鼎亦至自楚。式耜复疏，极言：『柳州猺獞杂处，地瘠民贫，不可久驻。庆远壤邻黔、粤，南宁地偪交夷，不可远幸』。时腾蛟与永忠、鼎、琏等俱分防任汛。会土司覃裕春子鸣珂与道臣龙文明构兵，永历复次象州。式耜与腾蛟、起恒、湘客等筹划调和主客，集永忠、琏誓于神，刻期出师。宜章鼎与滇镇总兵赵印选遂各分路驻全。全州战胜，诸帅连营而军。清兵因次楚。
十一月，永历自象州抵桂。式耜与起恒并相。司礼庞天寿七月请催兵下梧，久在粤；旧司礼王坤被承胤逐者复入。自武岗至柳、至象，票拟皆金吾吉翔手也。式耜疏请永历『揽大权、明赏罚、严好恶、亲正人、闻正言，威德兼行，以服远近』。时谓名言。腾蛟再督师出全，兵益不睦。琏下平乐，永忠壁兴安。未几，永忠营被袭，疾至阙，欲撤兵；左右禁近刻期欲永历迁。式耜持不可，言『督师警报未至，营夜惊，无大恐；二百里外风尘，而遽使主露处耶？播迁无宁日，国势愈弱，兵气愈难振，民心皇皇复何依？潮回波逝，虽长年三老能逆挽其戙■〈木戈〉哉』？左右禁近周慞不能止。式耜又请曰：『无已，候督师归。果急，甲士正山立，观兵皆督战，咫尺威严，劝激将士，背城借一，胜败未知。若以走为策，桂城危，柳益危。若今日可到桂，明日亦可到南大』。反复数百言，泪下沾衣。严起恒曰：『迟至厥明五鼓』。甫夜半，而永历已行矣。是戊子二月二十二日也。
译平乐失守时，清兵直逼桂林。三月十一日，清兵冲入文昌门，城中大为恐慌。当时焦琏刚从全州回来，身边只有几个人，张弓持刀，与清兵交战，稍稍击退了他们。清兵驻扎在阳朔，遍野的人都被命令剃发。瞿式耜与焦琏在危城中孤军守卫，上疏到全州，征调安国公刘承胤的军队。刘承胤起初从武冈来护卫，仍然秉持正道、遵守法度，驱逐专权弄事的司礼太监王坤，当面斥责周鼎瀚只知迎合司礼监；因此一向敬重瞿式耜，派数千军队援救桂林。不久，刘承胤请求封金吾郭承昊、马吉翔、严云从为伯；御史毛寿登驳斥说，金吾没有用弓矢、石块作战的功劳，怎么能援引边镇的例子晋升五等？马吉翔等怀疑这份奏疏是刘湘客授意的，周鼎瀚于是制造流言，把刘承胤比作董卓、■〈榷，氵代木〉、汜等人，激怒刘承胤，逼迫永历下令廷杖，并把毛寿登、刘湘客以及御史吴德操、给事中万六吉捆在午门外。恰逢各位大臣申诉营救，才得以免刑，毛寿登等人都被免职。刘承胤更加蛮横，胁迫永历前往武冈。瞿式耜上疏请求留在全州、阳朔，说：“听说郊社礼仪完成后，就计划迁移车驾。不知迁移车驾是要返回桂林呢，还是要前往武冈、辰州、沅州呢？” “如今原本以恢复两粤为宗旨，那么不只是西粤没有恢复就不能迁移，即使东粤没有恢复，也应当驻守全州。”所以刘承胤等人唆使廷杖刘湘客等人，是因为刘湘客主张还驾桂林。刘承胤的各部军队到了桂林，却挟带军饷而不出兵。瞿式耜除了搜集库藏之外，又拿出自己的钱一万金，夫人邵氏也捐出数百件簪钗耳饰。士卒不肯出战，与焦琏的军队主客不和，发生哗变和械斗，抢掠市场后离去，时间是五月十四日。永历最终驻在武冈。五月二十五日，清兵侦知军队发生变乱，又因连日下雨城墙毁坏，便包围进攻桂林城；官吏和士兵都吓得面无人色。焦琏身负创伤仍奋力挥臂，呼喊督师和抚按，肘部夹着羽箭，腹部顶着石块，分守各城门，用西洋铳击中清军的马和骑兵。不久出城作战，奋勇杀敌，从辰时一直战到午时，连饭也来不及吃；瞿式耜搜集署中的米蒸成饭，分给他们吃，士卒都乐意效死。第二天，又出城作战，清兵很快退去。瞿式耜先命道路将领马之骥埋伏在隔江之处，形成犄角接应，守卫城防更加谨慎。这三个月之内，桂林既受到清兵威胁，又遭遇军队动乱，都是瞿式耜一人指挥，焦琏才得以平定局势。焦琏长期统领桂林，得到桂林人的拥护，瞿式耜以国士的礼遇对待他，所以只有焦琏竭尽死力。因保卫桂林有功，晋升瞿式耜兼任太子太师，封临桂世伯。瞿式耜推辞不接受任命。奏疏上去后没有获准，他又请求告假并自我弹劾，说：“从二月十五日直到五月二十九日，这一百零六天中，我遇到变故三次，每次都极其危险。变故当前，处理一切总归只是一个‘死’字，于是也就不再产生恐惧，不再生起忧愁烦恼；只是我的病不只在身体，也在内心，不只在形体，也在精神。身体和形体的病可以治疗，内心和精神的病却无法医治。”他又上疏请求再次还驾全州、阳朔，最终仍未获准。〔原文数字、纪年保留：百六日〕 于是督率焦琏收复朔州以下的地区。邦传从宾州、柳州也推进到浔州，并且收复了梧州。到了八月，备具奏疏上奏说粤西已经全部平定，请求回到桂林，昭告兴陵。当时巡道严起恒因为仪表魁梧，被任命为大学士。督师何腾蛟驻扎衡州，堵胤锡驻扎长沙。谁知清朝三王平定长沙后，衡州也相继全部失守。总兵黄朝选、杨国栋等被擒，尸体多得几乎截断河流。八月二十四日，武冈再次战败。永历又辗转逃入广东，驻在柳州。瞿式耜多次上疏，极力说明不能再迁移一步：“滇、黔地处荒远，形势隔绝，忠义之心会离散。三百年的土地，如今只剩下粤西一线。况且山川形势、兵马和军粮，都有可以依靠的条件。”当时督师何腾蛟、新任辅臣严起恒以及刘湘客都到了桂林，南安侯郝永忠率兵突然到达，宜章伯卢鼎也从楚地到来。瞿式耜再次上疏，极力说明：“柳州是猺、獞杂居之地，土地贫瘠、百姓贫困，不能长期驻扎。庆远的土地邻近黔、粤，南宁地势逼近交夷，也不能远行前往。”当时何腾蛟与郝永忠、卢鼎、焦琏等都分别负责防守、巡逻。恰逢土司覃裕春的儿子覃鸣珂与道臣龙文明交战，永历又驻在象州。瞿式耜与何腾蛟、严起恒、刘湘客等筹划调和主客双方，召集郝永忠、焦琏对神明发誓，限定日期出师。宜章伯卢鼎与滇镇总兵赵印选于是分别驻守全州各路。全州之战取胜后，各位将帅连结营垒驻军。清兵于是驻扎在楚地。十一月，永历从象州到达桂林。瞿式耜与严起恒一同任宰相。司礼太监庞天寿七月请求催促军队攻下梧州，已经在广东停留很久；过去被刘承胤驱逐的司礼太监王坤又重新回来。从武冈到柳州、再到象州，票拟都出自金吾马吉翔之手。瞿式耜上疏请求永历“掌握大权，明确赏罚，严格区分喜恶，亲近正直的人，听取正直的言论，威严与恩德一并施行，以使远近归服”。当时人们称这是名言。何腾蛟再次出任督师，从全州出兵，但军队更加不和。焦琏攻下平乐，郝永忠驻军兴安。不久，郝永忠的营地遭到袭击，他急忙赶到宫门，想撤回军队；左右近臣限定日期，想让永历迁移。瞿式耜坚持不可，说：“督师的警报还没有到，军营只是夜间受惊，并没有大规模恐慌；相距二百里的地方有动静，就仓促让君主暴露在外吗？这样不断迁徙，将没有安宁之日，国势会越来越弱，军队的士气也越来越难以振作，百姓惶惶不安，又能依靠谁呢？潮水回落、波涛流逝，即使是久经水道的老船夫，难道还能逆流拉回那船吗？”左右近臣慌乱不安，无法阻止他。瞿式耜又请求说：“如果实在不能不走，就等督师回来。果真紧急，甲士正像山一样列阵，观看军队的将士都在督促作战，君主威严近在咫尺，可以激励将士，背城决一死战，胜败还未可知。如果把逃走当作策略，桂林城危险，柳州更危险。如果今天能够到达桂林，明天也同样能够到达南大。”他反复说了几百句话，眼泪流下沾湿了衣服。严起恒说：“拖到明天五更。”刚到半夜，永历已经出发了。这是戊子年二月二十二日。
时溃兵肆掠，蹂躏公署，职官无一得免。式耜被逼登舟。黎明，刑部侍郎远生、给事中丁时魁、万六吉及湘客俱至；盖湘客奉命安抚乱亡及劝饷糈，而远生、时魁以召将入也。遇式耜于樟木港。式耜集远生等入民屋，立草檄分路四发。暂驻阳朔，催琏兵上援。楚镇周金汤、熊兆佐亦入桂。又檄翰林简讨蔡之俊、大理寺评事朱■〈氵隶〉先入桂，宣式耜令。檄按司佥事邵之骅部琏兵，定人心。式耜于初一日复入桂署。督师腾蛟自永宁至，滇镇胡一青统兵至，琏自平乐统兵至。清兵疑桂城空虚，直抵桂北门。三月二十二日，腾蛟督兵三面御之，清兵渡甘棠去，督师列营榕江。永历诏旌式耜，赐银币，又赐「精忠贯日」金图书一枚。式耜念主宵衣，南宁蛮乡，不可久驻，日为永历清道；前日所忧在内者，今更在外；督勋镇将士，直取全州。促巡抚鲁可藻下梧。会东人有反归信，令可藻缮兵以待。会可藻衔自署两广。旧例：东抚称制兼粤西，西抚称抚。式耜曰：『方今武人多自署抚军帅，一面帝制辄自命，贻远人笑。予代疏请衔，曷不可』？周鼎瀚以阁部擅，式耜亦疏正之。
当武岗之乱，言官弹鼎瀚以附承胤入直。式耜司票拟犹不苛。王沂公曰：『进贤、退不肖皆有体。瀚系大臣，应听自谢免。不谢免而复擅假，毋乃不可乎』？邦传称粤世守，牒四飞；式耜疏驳之：『今日晋五等，尚未裂土。海宇剩削，止粤西一隅为驻跸之地。楚、滇数万之师，日需食，辄曰世守，岂老成忧国所隐料』？式耜身虽在外，在廷大纪纲，极言力请。疏曰：『臣与陛下患难相随、休戚与共，原自不同于诸臣。一切大政，自得与闻。庙议可否，众指所关。本乱而求末治，马濲阤古耳』。
永历驻南宁。四月初一日，世子生，册为太子，赦天下，诏曰「万喜」。式耜念无讲官，经筵不御，石室尘封，何由闻得失。手书八箴于扇，进之。督师腾蛟复全阳，是五月二十七日事也。督师报功疏，不肯自为功，有曰：『为陛下以信臣用臣者，式耜一人也』。
六月，粤东李成栋有反向。明朝报至。先是成栋下广，收缴印信凡五十余颗，于中独取总督印藏之。有爱妾某，松江妓也，揣知其意，因朝夕怂惥。成栋抚几曰：『怜此云间眷属也』。妾曰：『我独敢富贵乎！先死尊前，以成君子之志』。遂自刎颈。成栋抱尸大哭。明日即衣冠，将总督印具疏迎驾。又江右金声桓据南昌，藏表疏于佛经部面中，遣使赍奏亦至。而粤俱称全土，式耜疏请往桂，又请永历勿遽东。又言『事权宜专，号令宜一。兹军功爵赏，文武署置，决于成栋。若归之朝廷则中扰，阃外不能专制；听之朝廷徒虚拱。且楚、黔雄师百万，腾蛟翘首威灵，如望云霓。驾既东，军中将帅谓朝廷乐新复之土，成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，则人心涣散。请一见东诸侯，俾赡至尊音容，面为慰劳指属，然后责其尽意于东，刻期出战，咸决于外，不中扰也』。又疏令简讨蔡之俊入迎，再疏令给事中蒙正发迎。永历竟由梧入肇，先后诸疏俱不报。式耜闻，泪簌簌下。再疏谓：『前日粤东未复，宜往桂以规楚；今日江广反正，则宜往桂以图出楚。事机所在，毫厘千里』！吏部侍郎吴贞毓疏请永历往广城，式耜乃促远生入阻永历。适成栋自岭还师，修行宫，且迓驾。永历命远生诣广劳师，远生谓成栋曰：『今驾驻此，爵赏征伐，人疑有私，不可不嫌』。成栋然之，遂罢行宫，止迓驾。成栋具疏言：『式耜拥戴元臣，粤西扼御定，毋容久于外，应亟召还纶扉』。永历专命，遣官三、四召。式耜曰：『前日在南宁，桂林危。桂林危，则天下去矣。其机在外，不在内也。今江广悉定，何公督师下星沙，朝臣且辐至，予不敢忍危而即安』。具疏乞骸。再上，不允。
己丑正月，清兵破湘潭，何腾蛟被执。初，腾蛟檄各处兵马，齐集湘潭；而命马进忠等由益阳抄出长沙下，邀截上下舟船，焚掠湘阳，断绝水道。一只虎率大队复至长沙，络绎攻围。值清朝援兵合至，战胜于湘潭；腾蛟被擒，斩之。二月，清兵破信丰，李成栋殁于阵，南昌败书复再闻。先是，声桓踞南昌，清兵昼夜攻击破之。王得仁伏诛，声桓赴水死。于是先后赠腾蛟中湘王、成栋宁夏王、声桓豫章王。永历设坛挂帛，皆抆泪亲祭。专命式耜留守督师，兼江楚各省兵马。永州兵再退。式耜疏请兵科给事中吴其靁监各营军再出。
当永历驻肇庆，疏奏谆谆，以岁月稍暇，财赋优裕，用心尽力修内治以自固、严外备以自强。且积弊之后，易致中兴也。一才一艺之士，靡不收罗幕府。每慨人才凋零殆尽，凡■〈足斤〉足而至者，非怀忠抱义之人，亦乱世取功名之士。人之岁月精神，不用之于正，则用之于邪，安可驱为他人用？故人咸以桂林为稷下。
译当时溃散的军队肆意抢掠，践踏官署，官员没有一个能够幸免。瞿式耜被迫登船。天亮时，刑部侍郎刘远生、给事中丁时魁、万六吉以及刘湘客都到了；原来刘湘客奉命安抚逃亡者并劝募粮饷，刘远生、丁时魁则是因召集将领而入城。他们在樟木港遇到瞿式耜。瞿式耜召集刘远生等人进入民宅，立即起草檄文，分路向四方发出。暂时驻在阳朔，催促焦琏的军队上前援助。楚镇周金汤、熊兆佐也进入桂林。又发布檄文，命翰林简讨蔡之俊、大理寺评事朱■〈氵隶〉先进入桂林，宣布瞿式耜的命令；命按司佥事邵之骅统领焦琏的军队，以安定人心。瞿式耜在初一日重新进入桂林官署。督师何腾蛟从永宁到来，滇镇胡一青统兵到来，焦琏也从平乐统兵到来。清兵以为桂林城空虚，直抵桂林北门。三月二十二日，何腾蛟督率军队从三面抵御，清兵渡过甘棠江离去，督师在榕江列营。永历下诏表彰瞿式耜，赐给银币，又赐给“精忠贯日”金印一枚。瞿式耜想到君主日夜勤劳，南宁又是蛮夷之乡，不能长久驻扎，便每天为永历清理道路；从前担心的是内部问题，如今更担心外部问题；于是督率有功勋的镇将和士卒，直取全州。催促巡抚鲁可藻向下游进军梧州。恰逢东边的人有反正归顺的消息，便命鲁可藻整顿军队以待。恰逢鲁可藻对自己署理两广的名号有所不满。旧例是：东抚称制，兼管粤西；西抚则称抚。瞿式耜说：“如今武人多半自行署理抚军、帅臣的名号，动不动就自称帝制，给远方的人留下笑柄。我代替他上疏请求正名，难道有什么不可以吗？”周鼎瀚凭借阁部身份擅自作主，瞿式耜也上疏纠正此事。武冈发生动乱时，言官弹劾周鼎瀚，因为他依附刘承胤而入值。瞿式耜掌管票拟时，仍未苛刻处理。王沂公说：“进用贤能、黜退不肖，都有应有的体制。周鼎瀚属于大臣，应当听任他自行谢罪辞免。如果不谢罪辞免，反而又擅自借用权力，岂不是不可以吗？”邦传自称是粤地世代守卫的官员，公文接连四处传递；瞿式耜上疏驳斥说：“如今晋升五等爵位，尚且还没有分裂土地。天下土地已经残破削减，只剩粤西一隅作为驻跸之地。楚、滇数万军队每天都需要粮食，却动不动就说要世代守卫，这难道是老成而忧国的人暗中能够预料的吗？”瞿式耜虽然身在外地，对于朝廷的大纲纪仍极力进言和请求。奏疏说：“臣与陛下一同经历患难，共担安危，本来就与其他大臣不同。一切大政，臣自然有资格参与听闻。朝廷的议论关系到是否可行，众人的意见也都牵涉其中。根本已经混乱，却只想治理枝末，这只是马濲阤古人罢了。” 永历帝驻在南宁。四月初一日，世子出生，被册立为太子，大赦天下，下诏称“万喜”。瞿式耜想到没有讲官，皇帝也不临御经筵，石室积满尘土，又怎么能听到政事得失呢？于是亲手把八条箴言写在扇子上，进献给皇帝。督师何腾蛟收复全阳，这是五月二十七日的事。督师在报功奏疏中不肯把功劳归于自己，其中有这样的话：“能够让陛下信任臣、任用臣的，只有瞿式耜一人。” 六月，粤东的李成栋有反正的意向。明朝方面的消息传来了。此前，李成栋攻下广东，收缴印信总共五十多颗，其中唯独取出总督印藏了起来。他有一个宠妾，是松江的妓女，揣摩出他的心意，便早晚不断地怂恿他。成栋拍着几案说：“我怜惜这位云间的眷属啊！”宠妾说：“难道我一个人敢享受富贵吗？我愿先死在您的面前，以成全君子的志向。”于是自刎而死。成栋抱着她的尸体大哭。第二天，他立即穿戴冠服，带着总督印，写好奏疏迎接皇帝。又有江右的金声桓占据南昌，把表疏藏在佛经的夹层中，派使者携带奏疏，也到了朝廷。粤东方面都声称全境已经收复，瞿式耜上疏请求前往桂林，又请求永历帝不要仓促东行。他又说：“军政大权应当专一，号令应当统一。如今军功、爵赏以及文武官员的任用，都由李成栋决定。如果把这些权力归还朝廷，朝廷内部就会互相牵制，边外将领不能专断；如果只是听命于朝廷，实际上也只能徒然拱手而已。况且楚、黔有雄兵百万，何腾蛟翘首仰望陛下的威灵，就像盼望云霓一样。皇帝一旦东行，军中的将帅会认为朝廷贪恋新近收复的土地，李成栋也会有借迎驾以邀功的嫌疑。号令一旦传得遥远，人心就会涣散。请先会见东方各位诸侯，使他们能够瞻仰至尊的容貌，当面接受慰劳和指示，然后要求他们把全部心力用在东面，限定日期出战；一切在外面决定，不要在朝廷内部互相牵制。” 他又上疏，请命简讨蔡之俊入境迎接；再次上疏，请命给事中蒙正发前往迎接。永历帝最终从梧州进入肇庆，前后所上的奏疏都没有得到答复。瞿式耜听说后，眼泪簌簌流下。又上疏说：“前些日子粤东还没有收复，应该前往桂林来谋划收复楚地；如今江、广已经反正，就应该前往桂林来谋划出兵收复楚地。关键所在只差毫厘，结果却会相差千里！”吏部侍郎吴贞毓上疏请求永历帝前往广州城，瞿式耜于是催促严起恒入朝阻止永历帝。正好李成栋从岭南率军回来，修建行宫，并准备迎接皇帝。永历帝命严起恒到广州慰劳军队，严起恒对李成栋说：“如今皇帝驻在这里，爵赏和征伐之事都在这里决定，别人会怀疑其中有私心，不能不有所避嫌。”成栋认为他说得对，于是停止修建行宫，只保留迎驾之事。成栋上疏说：“瞿式耜拥戴元老大臣，粤西的防御和镇守已经确定，不应让他长期留在外地，应立即召回内阁。”永历帝专门下令，派官员三四次召他回来。瞿式耜说：“从前在南宁时，桂林危急；桂林一旦危急，天下就会失去。关键在外而不在内。如今江、广全都平定，何腾蛟公督师向下攻取长沙，朝臣也将纷纷到来，我不敢眼看危局而只求自身安逸。”于是上疏请求辞官归养。再次上疏，仍未获准。己丑年正月，清兵攻破湘潭，何腾蛟被擒。起初，何腾蛟传檄各处兵马，集中到湘潭；同时命马进忠等从益阳抄出，向下攻取长沙，拦截上下往来的船只，焚烧劫掠湘阳，截断水道。一只虎率领大队人马再次来到长沙，接连不断地进攻包围。正遇清朝援兵会合到达，清军在湘潭取胜；何腾蛟被擒后遭斩杀。二月，清兵攻破信丰，李成栋战死，南昌失败的消息又再次传来。此前，金声桓占据南昌，清兵日夜进攻，终于攻破南昌。王得仁被杀，金声桓投水而死。于是先后追赠何腾蛟为中湘王、李成栋为宁夏王、金声桓为豫章王。永历帝设坛悬挂白帛，都含泪亲自祭奠。又专门命瞿式耜留守并督师，兼管江、楚各省兵马。永州的军队再次退却。瞿式耜上疏，请求派兵科给事中吴其靁监督各营军队再次出兵。永历帝驻在肇庆时，奏疏反复恳切地说，趁着还有一些空闲岁月、财赋也较为充裕，应当尽心竭力整顿内政来巩固自身，严密加强外部防备来使自己强盛。况且经历长期积弊之后，正容易实现中兴。凡是有一才一艺的人，没有不被招揽到幕府中的。他常常感叹人才几乎已经凋零殆尽；凡是勉强来到这里的人，不是怀抱忠义的人，就是想在乱世中谋取功名的人。人的岁月和精神，如果不用在正道上，就会用在邪道上，怎么能把他们驱赶去为别人效力呢？所以人们都把桂林比作稷下。
四月，云南张献忠养子孙可望遣龚彝之弟龚鼎，献黄金二千两、马四匹，移书求封亲王名号。给事中金堡固争，以为祖制无有。而广西南宁府与云南广南府错趾，可望来书，有『不允封号、即提兵出战』等语。陈邦传恐甚，先封秦王，寻封为荆郡王；可望不受后封。时楚制堵胤锡以楚败达肇庆，滇营自永、全还桂，与焦兵猜疑生隙。忠贞营自蜀转战，由楚至梧，休息甲士。
清朝遣使贻书招式耜，式耜不从。永州再报失利，兴宁侯胡一青兵还榕江。式耜复办粮械，趋出兵屯于全。民力穷竭，诛割无术，槁悴万状。永历闻，为废食；召廷臣议于慈宁宫，发东饷一万。
是时清兵围困曾庆于平和，寻出降，杀之。而诏安等处，一时俱归清朝。郑芝鹏踞石榴城，清兵至，随遁去。刘中藻在福宁，势穷自缢，福建尽失。惟延、漳、汀三府界连江右，而延平所属，皆处万山中。清兵既回，遂立德化王朱慈烨踞将军寨，先陷大田，继破龙溪，攻顺昌、将乐。至十一月，清兵讨平之，王被获。兵部尚书罗南生等降。
庚寅正月，南雄报不守，宝丰伯罗成耀弃韶州。永历震恐，戒舟西上。戎政远生奏自请行清远，给事中金堡特奏请留，争之不得。适式耜疏至，曰：『粤东水多于山，虽良骑不能野合。自成栋归顺，始有宁宇。财赋繁盛，二十倍于粤西。衣甲粮饷，内可自强，外可备敌。材官士兵南北相杂，制胜致王，可操券而求。难得而易失，莫此云急。且韶去肇数百里，强弩乘城，坚营固守，亦可待勤王兵四至。何乃朝闻警而夕登舟』？疏再上，而永历移德庆、抵梧州矣。盖自成栋首疏文武各还事权，言官正气宜奖，卤簿不得干机务，失权者意，故急欲永历移舟，弃东如屣。时词谏诸臣，正纲纪、慎名器，多失人意。而御史程源辈以攫官不得，伺权者指，攻其所必去，荧惑永历听。下给事中丁时魁、金堡、蒙正发及侍郎刘湘客诏狱。式耜闻报，上疏申救，谓『中兴之初，宜保元气，勿滥刑』。再疏争之曰：『诏狱追赃，乃熹庙朝魏忠贤弄权，锻练杨、左事，何可祖而行之』？颁敕布四人罪状，非永历意，敕出忌者之手。式耜封还，谓『法者，天下之至公也；不可以蜚语饮章，横加考案，开天下之疑。且四人得罪各有本末，臣在政府若不言，恐失远近人望，其何辞于后世』？凡七疏。遣孙昌文入见梧州，陈说粤西民贫食尽军（？）曲折。时昌文孑身由海上来也，阁试授昌文翰林简讨。
清兵再簿全州，卫国一青兵撤守榕江。时勋帅咸进公，次者侯与伯；桂林牙门相望，号令纷出。十一月初五日辰，报清兵大举入严关。印选、一青、永祚俱以分饷入桂，榕江空壁。武陵侯杨国栋、宁武伯马养麟方驰出小路军榕江，兵未战而四溃。发使趋印选，印选已出城，城中大乱，沿道驱掠。式耜令戢不得，城外溃兵云飞鸟散。一青、永祚从城外去。式耜衣冠危坐署中，适总督张同敞自灵川回，过江东，不入寓，过式耜署曰：『事迫矣！公将奈何』？式耜曰：『封疆之臣知封疆；封疆既失，身将安往』？同敞曰：『公言是矣！君恩师义，敞当共之』！遂笑与式耜饮。家人泣请身出危城，号召诸勋，再图恢复；式耜挥去，不从。厥明被执，见清朝定南王孔有德。式耜以死自誓，不复一言。命幽式耜、同敞于别所。式耜赋诗，日与同敞赓和。至闰十一月十七日斩之。其绝命诗有云：『从容待死与城亡，千古忠臣自主张。三百年来恩泽久，头丝犹带满天香』。死之日，冬雷电大发，远近皆为称异。时给事中金堡已削发为僧，上书定南王，请葬式耜、同敞。而吴江有扬■〈禾丸〉，为具衣冠棺殓，并同敞瘗于北门之园。永历上南宁，入土州，严起恒、王化澄、马吉翔、庞天寿皆随去。后未详云。
译四月，云南张献忠的养子孙可望派龚彝的弟弟龚鼎，进献黄金二千两、马四匹，写信请求册封亲王名号。给事中金堡据理力争，认为祖制中从来没有这样的先例。但广西南宁府与云南广南府交错相接，孙可望来信中有“不准封号，就立即带兵出战”等话。陈邦传非常害怕，于是先封孙可望为秦王，不久又封为荆郡王；孙可望不接受后一个封号。当时，楚制堵胤锡因楚地战败到达肇庆，滇营从永州、全州退回桂林，和焦兵彼此猜疑，产生了嫌隙。忠贞营从四川转战而来，由楚地到达梧州，让士卒休整。清朝派使者送信招降瞿式耜，瞿式耜不肯服从。永州再次传来失利的消息，兴宁侯胡一青的军队退回榕江。瞿式耜又筹办粮食和军械，赶到全州出兵驻守。百姓的财力已经穷尽，既无法诛杀，也没有割取的办法，形容枯槁、困苦不堪。永历帝听说后，竟因此废寝忘食；召集廷臣到慈宁宫商议，发放东部军饷一万。这时清兵在平和围困曾庆，他不久出城投降，清兵便把他杀了。诏安等地也在同一时期全部归顺清朝。郑芝鹏占据石榴城，清兵到达后，他随即逃走。刘中藻在福宁，形势穷困，便自缢而死，福建全境丧失。只有延、漳、汀三府与江右接界，而延平所属各地都处在万山之中。清兵撤回后，朱慈烨便以德化王的身份占据将军寨，先攻陷大田，接着攻破龙溪，又进攻顺昌、将乐。到了十一月，清兵出兵讨伐并平定了他，德化王被擒。兵部尚书罗南生等人投降。庚寅年正月，南雄传来失守的消息，宝丰伯罗成耀放弃韶州。永历帝震惊恐惧，命令船只向西行驶。戎政严起恒上奏请求亲自前往清远，给事中金堡特意上奏请求皇帝留下，但争论没有结果。正好瞿式耜的奏疏送到，说：“粤东水路多于山路，即使是良马也不能在野外会战。自从李成栋归顺以后，这才有了安宁之地。这里的财赋丰盛，是粤西的二十倍。衣甲粮饷方面，向内可以使自己强盛，向外可以防备敌人。材官和士兵南北混杂，控制胜势、取得王业，完全可以有把握地求得。这样的形势难以得到却容易失去，没有比现在更紧急的了。况且韶州距离肇庆不过数百里，只要凭借强弩据城，修筑坚固营垒严密防守，也可以等待各地勤王兵马到来。为什么早晨听到警报，晚上就要登船呢？”奏疏再次上呈时，永历帝已经迁往德庆，抵达梧州了。大概是因为李成栋最初的奏疏主张文武官员各自恢复相应的权力，又说言官的正气应当受到奖赏，卤簿不得干预机务，使失去权力的人心怀不满，所以他们急于让永历帝转移舟行，像丢弃草鞋一样放弃粤东。当时负责词谏的各位大臣，整顿纲纪、慎重授予官爵，因而多不得人心。御史程源等人因为谋求官职没有成功，便窥伺掌权者的意图，攻击他们必然要离开的地方，迷惑永历帝使其听从。于是把给事中丁时魁、金堡、蒙正发以及侍郎刘湘客交付诏狱。瞿式耜听到消息后，上疏申救，说：“中兴之初，应当保全元气，不要滥用刑罚。”再次上疏争辩说：“诏狱追赃，是熹庙朝魏忠贤弄权、罗织陷害杨涟、左光斗等人的旧事，怎么可以把它当作祖制来推行呢？”朝廷颁布敕令，公布四人的罪状；这并非永历帝的本意，敕令出自忌恨他们的人之手。瞿式耜把敕令封还，说：“法律，是天下最公正的东西；不能因为飞语和弹劾奏章，就横加审讯查办，给天下人开启疑惑。况且这四个人获罪各有前因后果，臣身在政府，如果不说话，恐怕会失去远近人心，将来凭什么向后世交代呢？”前后共上了七道奏疏。又派孙昌文进入梧州谒见皇帝，陈述粤西百姓贫困、粮食耗尽以及军务的曲折情况。当时孙昌文是独自从海上来的，经过阁试，授予他翰林简讨。清兵再次逼近全州，卫国公胡一青的军队撤退到榕江。当时勋臣将帅都晋进为公爵，次一等为侯、伯；桂林城门内外相望，号令纷纷发出。十一月初五日辰时，传来清兵大举进入严关的消息。印选、胡一青、永祚都因分发军饷进入桂林，榕江城中已经空虚。武陵侯杨国栋、宁武伯马养麟正从小路赶来支援榕江，军队尚未交战便四散溃败。派使者催促印选出兵时，印选已经出城，城中大乱，沿途驱赶抢掠。瞿式耜命令约束军队，但无法制止，城外溃兵像云飞鸟散一般。一青、永祚从城外离开。瞿式耜穿戴官服，端坐在衙署中。正好总督张同敞从灵川回来，经过江东，没有进入住处，路过瞿式耜的衙署，说：“事情紧迫了！您打算怎么办？”瞿式耜说：“守土之臣只知道守护疆土；疆土既然失守，我还能到哪里去呢？”张同敞说：“您的话是对的！君恩和师义，我张同敞应当和您共同承担！”于是笑着和瞿式耜饮酒。家人哭泣请求他离开危城，号召各位勋臣，再图恢复；瞿式耜挥手让他们退下，不肯听从。第二天，他被擒，见到清朝定南王孔有德。瞿式耜以死发誓，不再说一句话。孔有德命人把瞿式耜、张同敞幽禁在别处。瞿式耜作诗，每天和张同敞互相唱和。到了闰十一月十七日，二人被斩杀。瞿式耜的绝命诗中有这样的句子：“从容待死与城亡，千古忠臣自主张。三百年来恩泽久，头丝犹带满天香。”他死的那天，冬雷和闪电大作，远近的人都认为这是奇异之事。当时给事中金堡已经剃发为僧，上书定南王，请求安葬瞿式耜、张同敞。吴江有扬■〈禾丸〉，替他们准备衣冠和棺材收殓，并把张同敞一同安葬在北门的园中。永历帝向南到达南宁，进入土州，严起恒、王化澄、马吉翔、庞天寿都跟随而去。此后的情况就不详了。